Teaching

Academic year 2020 2021

COMPUTATIONAL INFRASTRUCTURES FOR BIOLOGY AND MEDICINE

Lecturer of a lecture entitled “Introduction to machine learning in computational biology” for the “Infrastrutture di Calcolo e Algoritmi Efficienti per la Biologia e Medicina” master degree course at Università Magna Graecia di Catanzaro (organized by Mario Cannataro, Università Magna Græcia di Catanzaro).

Academic year 2018 2019

MEDICAL BIOPHYSICS TECH TALK SERIES

Lecture for the courses MBP Talks, academic year 2018 2019, organized by Mehran Karimzadeh and the Medical Biophysics PhD Program at University of Toronto:

• “Introduction to machine learning in computational biology” slides 2019-01-25 (.pdf)

• data file (.csv)

• k-NN script (.r)

• k-NN script with optimization solution (.r)

Academic year 2017 2018

UNIVERSITY HEALTH NETWORK (UHN) OFFICE FOR RESEARCH TRAINEES BIOINFORMATICS WORKSHOP

Lecture for the "Translating bioinformatics for everyday biology", co-organized by Linda Penn (UHN Office for Research Trainees), academic year 2017 2018:

• “Introduction to machine learning in computational biology” slides 2018-03-15 (.pdf)

• data file (.csv)

• k-NN script (.r)

• k-NN script with optimization solution (.r)

UNIVERSITY OF TORONTO CODERS LECTURE

Lecture for the workshop series of the University of Toronto Coders, academic year 2017 2018, organized by Lina Tran:

• “Introduction to machine learning in computational biology” slides 2018-02-01 (.pdf)

• data file (.csv)

• k-NN script (.r)

• k-NN script with optimization solution (.r)

SICKKIDS WORKSHOP SERIES

Lecture for the Bioinformatics Tools & Tricks Workshop, SickKids Centre for Computational Medicine, academic year 2017 2018, organized by Andrei Turinsky:

• “Introduction to machine learning in computational biology” slides 2017-12-06 (.pdf)

• data file (.csv)

• k-NN script (.r)

• k-NN script with optimization solution (.r)

MEDICAL BIOPHYSICS TECH TALK SERIES

Lecture for the courses MBP Talks, academic year 2017 2018, organized by Mehran Karimzadeh and the Medical Biophysics PhD Program at University of Toronto:

• “Introduction to machine learning in computational biology” slides 2017-10-13 (.pdf)

• data file (.csv)

• k-NN script (.r)

• k-NN script with optimization solution (.r)

Academic year 2016 2017

UNIVERSITY HEALTH NETWORK MEDICAL BIOPHYSICS STUDENT SEMINAR SERIES

Lecture for the course, academic year 2016 2017, organized by University Health Network, Toronto:

• “Introduction to machine learning in computational biology” 2017-06-12

  • slides (.pdf)

  • data file (.csv)

  • k-NN script (.r)

  • k-NN script with optimization solution (.r)

UNIVERSITY HEALTH NETWORK (UHN) LECTURE-WORKSHOP

Lecture for the course University Health Network (UHN) Lecture-Workshop, first lecture entitled Translating Bioinformatics for Everyday Biology, academic year 2016 2017, organized by UHN Office for Research Traines, Toronto:

• “Machine learning to investigate biological questions” 2017-01-31

  • slides (.pdf)

  • data file (.csv)

  • k-NN script (.r)

  • k-NN script with optimization solution (.r)

MEDICAL BIOPHYSICS TECH TALK SERIES

Lecture for the courses MBP Talks, academic year 2016 2017, organized by Mehran Karimzadeh and the Medical Biophysics PhD Program at University of Toronto:

• “Introduction to machine learning in computational biology” 2017-01-25 (.pdf)

Academic year 2013 2014

ICT FOR HEALTH CARE AND LIFE SCIENCES (2013 2014)

Lectures for the course ICT for Health Care and Life Sciences, teacher Marco Masseroli, academic year 2013 / 2014, Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Informatica, Scuola d’Ingegneria dell’Informazione, Politecnico di Milano, Milano Leonardo venue.

• “UMLS, an introduction” 2013-10-23 (.pdf)

• “UMLS exercises” 2013-10-24 (.pdf)

Academic year 2012 2013

ICT FOR HEALTH CARE AND LIFE SCIENCES (2012 2013)

Lectures for the course ICT for Health Care and Life Sciences, teacher Marco Masseroli, academic year 2012 / 2013, Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Informatica, Scuola d’Ingegneria dell’Informazione, Politecnico di Milano, Milano Leonardo venue.

• “UMLS, an introduction” 2012-11-07 (.pdf)

• “UMLS exercises & solutions” 2012-11-08 (.pdf)

• “BioWebServices and BioWorkflows – 1st part” 2012-11-21 (.pdf)

• “BioWebServices and BioWorkflows – 2nd part” 2012-11-28 (.pdf)

• “BioWebServices and BioWorkflows exercises & solutions” 2012-11-29 (.pdf)

INFORMATICA B (2012 2013)

Lezioni di laboratorio per il corso Informatica B, docente Daniele Loiacono, anno accademico 2012 / 2013, Corso di Laurea Triennale in Ingegneria Energetica e Corso di Laurea Triennale in Ingegneria Meccanica, Scuola d’Ingegneria Industriale, Politecnico di Milano, sede Milano Bovisa.

• • Esercizi di laboratorio del 2012-10-09 (.pdf)

    • soluzioni (.zip)

  • Esercizi di laboratorio del 2012-10-16 (.pdf)

    • soluzioni (.zip)

  • Esercizi di laboratorio del 2012-10-30 (.pdf)

    • soluzioni (.7z)

  • Esercizi di laboratorio del 2012-11-06 (.pdf)

    • soluzioni (.7z)

  • Esercizi di laboratorio del 2012-12-04 (.pdf)

    • soluzioni (.7z)

  • Esercizi di laboratorio del 2012-12-11 (.pdf)

    • soluzioni (.7z)

  • Esercizi di laboratorio del 2013-01-08 (.pdf)

    • soluzioni (.7z)

  • Esercizi di laboratorio del 2013-01-15 (.pdf)

    • soluzioni (.7z)

Attenzione: le soluzioni non sono univoche, ossia si puo’ risolvere gli esercizi correttamente anche in modi diversi da quelli illustrati nelle soluzioni proposte.

INFORMATICA B (2012 2013)

Lezioni di laboratorio per il corso Informatica B, docente Marco Masseroli, anno accademico 2011 / 2012, Corso di Laurea Triennale in Ingegneria Energetica e Corso di Laurea Triennale in Ingegneria Meccanica, Scuola d’Ingegneria Industriale, Politecnico di Milano, sede Milano Bovisa.

• • Lezione su: Tipi di dati predefiniti e semplici. Conversioni tra tipi di dati. Regole di compatibilita’ tra i tipi in C.  2012-10-11 (.pdf)

  • Esercizi di laboratorio su: Linguaggio C: esercizi di istruzioni iterative (do-while, for), condizionali (switch), break e goto. 2012-10-12 (.pdf)

Academic year 2011 2012

BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY FOR MOLECULAR MEDICINE (2011 2012)

Lectures for the course Bioinformatics and Computational Biology for Molecular Medicine, teacher Marco Masseroli, academic year 2011 / 2012, Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Informatica, Scuola d’Ingegneria dell’Informazione, Politecnico di Milano, Milano Leonardo venue.

• “Technology for gene expression measurement” 2011-11-22 (.pdf)

• “Biomolecular sequence analysis II” 2011-11-22 (.pdf)

• “Analysis of controlled biomolecular annotations (exercises with solutions)” 2012-01-10 (.pdf)

ICT FOR HEALTH CARE AND LIFE SCIENCES (2011 2012)

Lectures for the course ICT for Health Care and Life Sciences, teacher Marco Masseroli, academic year 2011 / 2012, Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Informatica, Scuola d’Ingegneria dell’Informazione, Politecnico di Milano, Milano Leonardo venue.

• “XML, an introduction” 2011-10-13 (.pdf)

• “Xml exercises” 2011-10-13 (.7z)

• “UMLS, an introduction” 2011-11-02 (.pdf)

• “Service oriented architectures and web services” 2011-11-09 (.pdf)

• “UMLS exercises & solutions” 2011-11-10 (.pdf)

• “BioWebServices and BioWorkflows – 1st part” 2011-11-16 (.pdf)

• “BioWebServices and BioWorkflows – 2nd part” 2011-11-23 (.pdf)

• “BioWebServices and BioWorkflows exercises & solutions” 2011-11-24 (.pdf)

INFORMATICA B (2011 2012)

Lezioni di laboratorio per il corso Informatica B, docente Daniele Loiacono, anno accademico 2011 / 2012, Corso di Laurea Triennale in Ingegneria Energetica e Corso di Laurea Triennale in Ingegneria Meccanica, Scuola d’Ingegneria Industriale, Politecnico di Milano, sede Milano Bovisa.

• • Esercizi di laboratorio del 2011-10-04 (.pdf)

  • Esercizi di laboratorio del 2011-10-11 (.pdf)

  • Esercizi di laboratorio del 2011-10-18 (.pdf)

  • Esercizi di laboratorio del 2011-11-08 (.pdf)

  • Esercizi di laboratorio del 2011-11-29 (.pdf)

  • Esercizi di laboratorio del 2011-12-13 (.pdf)

  • Esercizi di laboratorio del 2012-01-10 (.pdf)

  • Esercizi di laboratorio del 2012-01-17 (.pdf)

Alcune soluzioni degli esercizi proposti nelle lezioni di laboratorio sono disponibili sul sito web di Sofia Ceppi – SofiaCeppi.com (Attenzione: le soluzioni non sono univoche, ossia si puo’ risolvere gli esercizi correttamente anche in modi diversi da quelli illustrati nelle soluzioni proposte).

Academic year 2010 2011

INFORMATICA B (2010 2011)

Lezioni di laboratorio per il corso Informatica B, docente Daniele Loiacono, anno accademico 2010 / 2011, Corso di Laurea Triennale in Ingegneria Energetica e Corso di Laurea Triennale in Ingegneria Meccanica, Facolta’ d’Ingegneria Industriale, Politecnico di Milano, sede Milano Bovisa.

• Esercizi di laboratorio del 2010-10-05 (.pdf)

• Esercizi di laboratorio del 2010-10-12 (.pdf)

• Esercizi di laboratorio del 2010-10-26 (.pdf)

• Esercizi di laboratorio del 2010-11-02 (.pdf)

• Esercizi di laboratorio del 2010-11-30 (.pdf)

• Esercizi di laboratorio del 2010-12-20 (.pdf)

• Esercizi di laboratorio del 2011-01-11 (.pdf)

• Esercizi di laboratorio del 2011-01-18 (.pdf)

Academic year 2007 2008

INFORMATICA E PROGRAMMAZIONE (2007 2008)

Lezioni di laboratorio per il corso d’Informatica e Programmazione, docente Stefano Rovetta, anno accademico 2007 / 2008, Corso di Laurea Triennale in Informatica, Facolta’ di Scienze Matematiche Fisiche Naturali, Universita’ di Genova.