El área fue formalmente conocida como San Blas, junto con el nombre autóctono de Kuna Yala, pero se cambió en octubre de 2011 cuando el Gobierno de Panamá reconoció la afirmación del pueblo Guna que en su lengua materna no existía el fonema para la letra "K", y que el nombre oficial debería ser "Guna Yala".
Quien de cerca siga el desarrollo de la ciencia toponímica no podrá por menos que reconocer su valor como fuente de la historia. Los pueblos con sus distintas lenguas, sus luchas, su organización social, su economía y sus sentimientos religiosos, pueden seguirse con bastante detalle a través del estudio toponímico de un país cualquiera. Eso es lo que vamos a hacer en este escrito.
La historia ‘oficial’, nos cuenta que Vasco Núñez de Balboa llegó a Acla, y ésta viene de la palabra guna mal pronunciada ‘Agla’, que significa ‘casa en pisos o altillos’, muy común en los Gunas de las montañas. Por eso, la tradición oral guna habla de ‘agla sennigua’ (‘Acla chica’, donde estuvo Balboa) y ‘agla dummadi’ (‘Acla grande’, Pto. Escocés). También Careta, según la historia ‘oficial’, habla guna, ya que le entrega ‘bajo presión’ a Balboa, ‘Anay-an-sia’, vocablo guna que significa ‘Amigo, es mi sobrina’, en este caso no es su hija. El territorio de Careta se preserva en la toponimia de Guna Yala en la actualidad (Punta Carreto), que incluía lo que hoy es la bahía comprendida entre Punta Escocés y donde está actualmente Muladupu.
Igualmente, dice la historia ‘oficial’ que Vasco Núñez de Balboa llegó al golfo de Uraba, término guna (‘Ur Naba’), que significa ‘lugar donde llegan los cayucos’.
Finalmente, la historia ‘oficial’ nos presenta el recorrido de Vasco Núñez de Balboa por el río Chucunaque, río guna que significa ‘Caudaloso’.
Igualmente, todas las voces en terminación ‘di’ (ti) y otras indefectiblemente son guna. Por ejemplo, Acandi, (río Hacha), Negogli (Neg oli, pueblo pantanoso), Tuira (alude al dirigente guna Duiren), Morti (Moro di, río de las tortugas), Titumati (Di dummadi, río Grande), Meteti, (Medde di, agua de las tinajas), son palabras guna que nos hablan de las movilizaciones del pueblo guna, buscando mejores tierras y porvenir para sus hijos e hijas. Para eso, han tenido que luchar y pelear, hacer las paces y dar un paso hacia atrás para dar dos pasos adelante, pero jamás rendirse.
Para concluir, Octavio Méndez Pereira dice: ‘Núñez de Balboa se internó en las cordilleras del río Chucunaque el 25 de septiembre de 1513. Según los indígenas que le acompañaban, desde allí podría ver el nuevo mar... «De pronto, como a eso de las diez de la mañana, uno de los indios que servían de guía se volvió hacia el jefe y le señaló con el dedo una cresta pelada: el Mar del Sur’. Entonces, ¡¿quién descubrió a quién?! Me pregunto.
¿Y los Cueva? Fue una lengua que hablaban los pueblos indígenas en su comercio y transacción. Los historiadores panameños han fallado en dar el lugar adecuado al pueblo Guna por su falta de conocimiento de la lengua.