En la actualidad, Panamá además de albergar y administrar una de las principales arterias del comercio mundial se caracteriza por ser una República unitaria que reconoce derechos territoriales para los pueblos indígenas bajo dos figuras jurídicas: las comarcas indígenas y las tierras colectivas (Ley 72 de 2008). En el pasado, hasta la década de 1930, también contempló la categoría de reserva indígena para reglamentar el modelo de tenencia de tierra. Sin embargo, al ser considerada una copia del sistema norteamericano para evitar el uso de la figura colombiana de resguardo indígena, fue abandonada durante las primeras décadas del siglo XX. El momento de inflexión se produjo durante las negociaciones en torno a las primeras comarcas. Después de la aprobación de la pionera ley que reconoció derechos territoriales a los pueblos indígenas la Ley 59 de 12 de diciembre de 1930 que creó la reserva indígena guna de San Blas, se aprobó la Ley 18 de 1934 que creó las reservas indígenas ngäbes de Cusapin, Bluefield y Tobobe, y la guna del Bayano. Sin embargo, dado que la Ley 59 no incluyó todas las tierras reclamadas por las autoridades gunas, se abrió un nuevo ciclo de negociaciones que concluyeron con la aprobación de la Ley 2 de 16 de septiembre de 1938. Una nueva ley que no solo supuso la ampliación del territorio Guna, sino que impuso el uso de la categoría “comarca” a la de “reserva indígena”. Más adelante el pueblo guna de la costa atlántica siguió luchando por el reconocimiento de sus instituciones de gobierno, con el fin de contrarrestar el poder del intendente waga (no indígena), representante del órgano ejecutivo en la comarca.
En 1953, con la aprobación de la Ley 16, se estableció definitivamente la condición administrativa y jurídica de la comarca de San Blas y se reforzaron sus fronteras. Con arreglo a esta nueva legislación, el Estado panameño aceptó la carta orgánica como ordenamiento interno y tomó fuerza el concepto de comarca indígena en detrimento del de reserva como forma de gobierno y territorio autónomo indígena. Estas suspicacias terminológicas en torno a las nociones de reserva, resguardo y comarca tienen que ver con el peso de la historia en las negociaciones sobre la autonomía indígena en la región istmo-colombiana. Hasta el año 1903, Panamá formaba parte de Colombia. Durante el siglo XIX algunos pueblos indígenas del istmo ya habían conseguido derechos sobre su territorio con el beneplácito del gobierno de Bogotá. Tal fue el caso de los Gunas, quienes en 1871 consiguieron el reconocimiento de la comarca de Tulenega gracias a un convenio que firmaron con los Estados Unidos de Colombia en 1871.
Por un lado, este acuerdo garantizaba el acceso de los Gunas a la instrucción y a los recursos naturales de su territorio, Tulenega. Por el otro, designaba un comisario nacional encargado de proteger a los indígenas y explorar las posibles líneas para la construcción de vías interoceánicas.
A pesar de que con la fundación de la República de Colombia y la Constitución de Cúcuta de 1821 se empezaron a dividir los resguardos las tierras de propiedad colectiva regidas por un cabildo de indios bajo la colonia con el fin de promover el régimen de propiedad privada entre los indígenas, en el istmo, la Constitución Política del Estado Soberano de Panamá del 22 de diciembre de 1868 reconoció las comarcas como una división, con efectos administrativos, judiciales, electorales y fiscales, asociadas a una organización político-administrativa especial.
Es decir, mientras en Colombia se parcelaban las tierras indígenas y se extinguían los cabildos de indios, en Panamá se establecieron nuevas entidades administrativas que permitieron que algunas tierras indígenas no fueran incorporadas al mercado. Aunque el convenio de 1871 nunca llegó a ser totalmente efectivo, ha articulado las reivindicaciones autonomistas del pueblo guna hasta la actualidad. Tanto la figura jurídica de la comarca como de las tierras colectivas son acordes al principio constitucional expresado en el artículo 123 (Constitución Política de Panamá 1972, reformada en 1978, 1983, 1994 y 2004) según el cual el Estado debe garantizar a las comunidades indígenas “la reserva de las tierras necesarias y la propiedad colectiva de las mismas para el logro de su bienestar económico y social”. Para cumplir con este principio además de reconocer los derechos territoriales, Panamá cuenta con leyes que promueven los derechos de propiedad intelectual sobre conocimientos y creaciones indígenas (Ley 20 de 2000), mecanismos de consulta y consentimiento previo libre e informado de los pueblos indígenas en caso de desarrollar proyectos dentro de sus zonas o impulsar iniciativas legislativas relativas a sus pueblos (Ley 37 de 2016) y la protección de la medicina tradicional indígena (Ley 17 de 2016).
La estructura gubernamental de Guna Yala
La estructura gubernamental de Guna Yala es definida en la Ley Orgánica 16 de septiembre de 1953. El Congreso General Guna es la máxima autoridad política de Guna Yala, consiste en representantes de todas las comunidades de Guna Yala y se reúnen dos veces al año. Los votos son tomados por cada Saila de la comunidad.