Чернігівська лабораторія бере свій початок у 1911 році, коли було відкрито першу бактеріологічну установу для діагностики та виготовлення вакцин. Згодом, у 1930-х, вона розширилася, включивши нові відділи, а також мережу міжрайонних лабораторій, щоб забезпечити ефективну ветеринарну діагностику по всій області.

З 1969 року лабораторія активно розвивалася, а в 1986 році відкриття «ветеринарного комплексу» стало новою сторінкою її історії. У 2002 році лабораторія отримала акредитацію, що дозволило їй проводити контроль якості продукції тваринного походження для внутрішнього ринку та експорту. У 2008 році лабораторія першою в регіоні підтвердила свою компетентність за міжнародним стандартом ISO/IEC 17025:2006.

Сьогодні фахівці лабораторії проводять широкий спектр досліджень, включаючи бактеріологічні, мікологічні, іхтіопатологічні, радіологічні та хіміко-токсикологічні. Більше ніж за 80 років вони виділили збудників таких захворювань, як сибірка, бруцельоз, туберкульоз, а також виявляють актуальні інфекції, серед яких сказ, грип птиці, лейкоз.

Лабораторія постійно оновлює свою технічну базу, оснащуючи її сучасними мікроскопами, спектрофотометрами та обладнанням для імуноферментного аналізу та молекулярно-генетичних досліджень. Фахівці закладу працюють над впровадженням новітніх методів діагностики, що забезпечує високі стандарти якості та безпеки.