Construída por índios, datada do século XVIII, provavelmente na primeira metade, com a supervisão dos jesuítas, apresenta peças barrocas no seu interior, possui apenas uma torre com a sacristia do mesmo lado e sua fachada tem elementos em alto relevo. Foi elemento da troca entre os irmãos da Irmandade de Nossa Senhora do Rosário e do Glorioso São Benedito de Bragança, ficando sob a administração destes últimos em 1872 após a aprovação do Bispo de Pará.
Foi tombada como Patrimônio Histórico Municipal pelo Decreto no. 228/06, de 04 de outubro de 2006 e como Patrimônio Histórico Estadual pelo Ato de 11 de setembro de 2006. O tombamento inclui o polígono (igreja, barracão da Marujada e coreto), o Complexo da Igreja de São Benedito, na Praça 1º de outubro.
A igreja situa-se às margens do rio Caeté, e serve como cenário de uma das maiores festas religiosas do município de Bragança: a Festividade do Glorioso São Benedito, no período de 18 a 26 de dezembro.