En el Valle de Guadalupe la especie de flora más registrada es la flor de borrego (Eriogonum fasciculatum), especie característica del matorral y el cahaparral. Otras especies más registradas son las escobillas (Baccharis salicifolia y Baccharis sarothroides), la primera se observa principalmente cercana a cuerpos de agua o arroyos, mientras que la segunda es más de matorrales y se también a las orillas de los caminos. En el cahaparral y sobre la ladera de los cerros es común encontrar al lentisco (Molosma laurina), el saladito (Rhus integrifolia), el fresno de chaparral (Fraxinus parryi), Heteromeles arbutifolia, la manzanita (Arctostaphylos glauca) entre otros. En el matorral es muy común observar al la jojoba (Simmondsia chinensis), el arbusto dorado (Isocoma menziesii), al chamizo (Adenostoma fasciculatum), la yerba santa (Eriodictyon sessilifolium), artemisa (Artemisia tridentata) así como una variedad de especies de siempreviva (Dudleya ssp.), salvias (Salvia ssp.), cactáceas (Opuntia ssp, Cylindropuntia ssp., Mammillaria ssp. etc) entre otras. Otras especies de flora son los encinos (Quercus ssp.), ahuejote (Salix lascioleotis), fresnos (Fraxinus ssp.) Yucas, mezquites, olivos y más...