月夜の河 - PC備忘録

月夜の河

電波天文アプリケーションのインストール

動作確認をした環境は、いわゆるパソコンとLinux(VineLinux2.6r1)です。AIPSのインストールなど。いつの日にか、あの研究室で役に立ちますように…。

AIPS (Astronomical Image Processing System) version 31DEC02

インストール手順

1. Vine Linux 2.6r1にはfortranコンパイラ(gcc-g77)が入っていないので Vine Plusからrpmパッケージを取ってきてインストールしておく。というよりも、apt-get install gcc-g77を実行した方が簡単かも。
2. AIPS管理用のユーザーaipsmngrとAIPSを使用するグループとして aipsusrを事前に作成する。
3. /usr/local/aips/というディレクトリを作成しておく。ここにAIPSのプログラム群をいれることにする。このディレクトリの所有者、所有グループはaipsmngr,aipsusrとする。
4. AIPS本体のファイルと、インストール用のperlスクリプトを NRAOのサイトから取ってきて/usr/local/aipsに入れておく。
5. 以下、aipsmngrで作業を進める。
6. perl install.plを実行する。
  1. screen 0 : 1を選択。AIPSのファイルをローカルディスクから探す。
  2. screen 1 : Sを選択。ローカルディスクのファイルからインストールする。
  3. screen 2 : Yを選択。提示されたものでよければそのまま進む。
  4. screen 3 : /usr/local/aips/と入力。先ほど作ったディレクトリにインストールする。
  5. screen 4 : aipsusrを指定。指定したグループに所属するユーザーだけがAIPSを利用できる。
  6. screen 4b : グループaipsusrに、実際に利用許可を与える。
  7. screen 5 : 使用する計算機がある場所を指定。例えばkagoshimaとか...。
  8. screen 5b : LINUXを指定。利用する計算機のアーキテクチャを入力する。
  9. screen 6 : 他の計算機のAIPSからこの計算機のAIPSのデータを利用しないのであれば、入力する必要は無い。後から追加もしくは変更可能。
  10. screen 7 : 提示されるにしたがって、 /usr/local/aips/DATA/LOCALHOST_1と入力。計算機のhostnameによって、提示される "LOCALHOST"の部分は変わってくる。後から追加もしくは変更可能。
  11. screen 8 : AIPSからプリンタを使用したいときに指定する。後から追加または変更可能。
  12. screen 9 : AIPSからテープドライブを使用したいときに指定する。後から追加または変更可能。
  13. screen 9b : 他の計算機からテープドライブまたは FITSファイル格納ディレクトリ(FITS)を利用したいときにはその計算機のIPアドレスなり、hostnameを指定する。後から追加または変更可能。
  14. screen 10 : 他の計算機からこの計算機のAIPSを利用したい場合にはinetを指定する。
  15. screen 11 : AIPSをコンパイルするときの細かい設定。 ("APSIZE"は、可能なかぎりおおきく取った方が、処理が早くなるようです。)
  16. screen 12 : 最終確認。
  17. 以上でインストールの準備は整い、あとは実際にコンパイル作業に進む。コンパイル作業に入る前に、作業者の名前やら連絡先やら聞かれるが、まぁ、そこは丁寧に答えることにする。(でもホントに連絡が来たりするんでしょうかね...少し疑問。参考までに、コンパイルに要した時間は、 CPU=2.0GHz,RAM=2.0GBで40分、CPU=700MHz,RAM=128MBで80分というところ。
  18. コンパイルし終えたら、"enjoy!"なるメッセージが出る。（注 : ホントにenjoyできる人がいるのかどうかは知りません。）
7. screen 10で"inet"を指定したときには、/etc/servicesの一番最後に以下の記述を追加しておく。

#========================================================================

sssin 5000/tcp SSSIN # AIPS TV server

ssslock 5002/tcp SSSLOCK # AIPS TV Lock

msgserv 5008/tcp MSGSERV # AIPS Message Server

tekserv 5009/tcp TEKSERV # AIPS TekServer

aipsmt0 5010/tcp AIPSMT0 # AIPS remote FITS disk access

aipsmt1 5011/tcp AIPSMT1 # AIPS remote tape 1

aipsmt2 5012/tcp AIPSMT2 # AIPS remote tape 2

aipsmt3 5013/tcp AIPSMT3

aipsmt4 5014/tcp AIPSMT4

aipsmt5 5015/tcp AIPSMT5

aipsmt6 5016/tcp AIPSMT6

aipsmt7 5017/tcp AIPSMT7

#========================================================================

1. 最後の設定を行うが、ここから先はやらなくても動く。しかも、具体的に何をやっているか不明な点がちらほら…。
  1. source /usr/local/aips/LOGIN.SH とコマンド入力する。
  2. $CDTST とコマンド入力する。インストールしたAIPSのバージョンが表示される。
  3. RUN FILAIP とコマンド入力する。聞かれるパスワードには、"AMANAGER"と入力する。以下、質問に答えていく。
  4. # disks, # cat entries/disk (<0 => private catlgs) (2 I) →→→ 35-100 と入力する。
  5. # interactive AIPS, # batch queues (2 I) →→→ 8 2 と入力する。
  6. # tape drives (I) →→→ 1と入力する。
  7. 何やらメッセージが表示され、最後に「FILAI1: Done!」と出ればよい。
2. やらなくても動く設定はもうひとつある。
  1. RUN POPSGN とコマンド入力する。
  2. Enter Idebug, Mname, Version (1 I, 2 A's) (NO COMMAS) : →→→ 0 POPSDAT TST と入力する。ここでプロンプトが">"に変わる。
  3. RUN SETPAR とコマンド入力する。

POPSG1: Popsgen complete

POPSG1: 計算機名 31DEC04 TST: Cpu= 0.0 Real= 1126

といった感じの表示が出ればよいが、場合によってはこのあと表示されるメニューで "35 Computer speed rating (AIPSmarks)" を 20 に変更する。

1. 以上で、インストール作業はおしまい。実際に起動してみる。

1. 1. source /usr/local/aips/LOGIN.SH →→→ AIPS内で使われる変数などを読み込む。
  2. /usr/local/aips/START_AIPS →→→ AIPS起動。 (注 : ktermからではなく、xtermまたはgnome-terminalから起動しなければ、TVサーバーが立ち上がらないようです。

各種設定

もう一度はじめからインストールし直したいときは、 /home/aipsmngr/にあるインストール設定ファイル.AIPSRCと .AIPSRC.OLDを削除してから行う。
各種設定を変更したいときには...

ディスクの追加

/usr/local/aips/DA00/DADEVS.LIST

/usr/local/aips/DA00/NETSP

に、それぞれ初期設定ディスクの表記にしたがって記述追加。その後、作成したディスクの中に"SPACE"という中身の無いファイルを作らなければいけない。具体的には、

touch SPACE

とすればよい。

テープドライブの使用

「mt」というコマンドを使う(Magnetical Tapeの略らしい)。しかしこれもVine Linux 2.6r1のインスール時には選択することができないため、Vine Plusから取ってきてインストールしなければならない。更に、Linuxカーネルを再構築してテープドライブをカーネルに認識させるようにしてあげる必要がある。テープドライブは、HPやCOMPAQ(現在HPに吸収合併)の製品ならば特に問題無く認識し使用できた。規格も、DDT-4の使用まで確認済み。テープドライブは高額機器のため、購入はご慎重に…。

テープドライブの追加

/usr/local/aips/DA00/TPDEVS.LIST に、以下のように記述する。

#========================================
LOCALHOST /dev/st0 テープドライブの機種名
#========================================

上記の例のように「ホスト名デバイス名テープドライブ名」という記述を追加し、/dev/st0の利用権限について aipsusrグループに読み込みを許可する。

/usr/local/aips/DA00/TPHOSTS に、以下のように記述する。その後実際にAIPS内からmountを実行して反応があればOK。

#========
LOCALHOST
#========

- リモートテープドライブからデータを読み出したいとき

リモート計算機(テープドライブがある方)のTPHOSTSに、ローカル計算機(自身が使う方)の名前を登録する。ローカル計算機のTPDEVS.LISTには、上記の「テープドライブの追加」と同様に記述を追加する。ホスト名には、ローカル計算機側で指定したホスト名あるいは IPアドレスを直接記述する。あとはローカル計算機側のAIPSで「REMHOST ホスト名」と入力後、「mount」としたときにエラーが出なければよい。

- プリンタの追加

/usr/local/aips/DA00/PRDEVS.LIST に、以下のように記述する。

#===========================
LP0 PS NONE プリンタの機種名
#===========================

PGPLOT version 5.2

事前にfortranのコンパイラをインストールしておく必要がある。
/usr/local/pgplot/, /usr/local/src/pgplot/というふたつのディレクトリを作っておく。
FTPサイトからPGPLOTのソースファイルを取ってきて、 /usr/local/src/pgplotに入れ、tarコマンドで展開する。
展開してできたdrivers.listファイルをエディタで編集する。
このファイルは、インストール後にPGPLOTで使用できる画像形式を指定するもので、使いたい形式が記述されている行のコメントアウト"!"を削除するだけでよい。例として、今回指定したファイル形式は、PS, VPS, CPS, VCPS, XTERM, GIF, VGIF, XWINDOW, XSERVE, LATEX, XDISPで、最後のXDISPを指定しなかったらインストール後の動作確認で使うデモンストレーションプログラム、 pgdemoが動かなかった。さらに、PNGはどうも使えないらしい。
/usr/local/src/pgplotで、makeなどを行う。

/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc
make

makeがうまくいかなかったら、もう一度やり直す。大抵の場合、利用できないファイル形式をdrivers.listで指定してしまっていることが多い。もしくは、makemakeを行うときに指定するOSとコンパイラが間違っているとか...。

正常に終了したら、必要なくなった中間ファイルを削除する。また、CのプログラムでPGPLOTを呼び出したいときは続けて"make cpg"と入力する。

make clean
make cpg

以上で終了だが、実際に使うためにはPGPLOT用の環境変数を指定して上げる必要がある。
- bashを使っている場合、以下の記述を.bashrcに追加する。

export PGPLOT_DIR="/usr/local/pgplot/"
export PGPLOT_DEV="/XWINDOW"
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/pgplot"

- csh系を使っている場合、以下の記述を.cshrcなどに追加する。

setenv PGPLOT_DIR /usr/local/pgplot
setenv PGPLOT_DEV /XWINDOW
setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/pgplot

デモンストレーション用プログラムを試してみる。

/usr/local/pgplot/pgdemo1

などなど...。

Difmap version 2.4b

DifmapはPGPLOTを利用するので、事前にPGPLOTをインストールしておく。
ソースファイルを/usr/local/にダウンロード、展開する。 "uvf_difmap"というディレクトリができる。
展開してできたconfigureファイルをエディタで編集する。
変更箇所はPGPLOT_LIBで、

PGPLOT_LIB="-L/usr/local/pgplot -L/usr/X11R6/lib -R/usr/local/pgplot:/usr/X11R6/lib -lpgplot -lX11"

を採用することにする。

configureファイルを引数つきで実行、その後makeallファイルを実行する。

cd /usr/local/uvf_difmap

./configure linux-i486-gcc

./makeall

以上でコンパイルは完了し、実行ファイル"difmap"ができる。

/usr/local/bin/に、/usr/local/uvf_difmap/difmapへのシンボリックリンクを張る。

ln -s /usr/local/uvf_difmap/difmap /usr/local/bin/difmap

起動できるか試してみる。「difmap」と入力して、プロンプトが"0>"に変わればよい。

NEWSTAR export(2002/11/29)版

まずはじめに注意点をいくつか...。
- Vine Linux 2.6r1では2003/02/28版をコンパイルすることができず、途中でエラーを起こしてしまった。 (何日、何時間かけても結局未解決のままです...。)
- ここでは、2002/11/29版をインストールすることを前提に話をする。しかし、同じVine Linux 2.6r1でも違う計算機にはインストールできなかった(開発環境の違い？)。
- これから書くことは基本的に　国立天文台野辺山のページ How to install NEWSTAR　で書かれていることに対する捕捉という位置づけであることを明記しておく。
- つまり、必ずインストールできると言う自信が私にはありません。orz
事前にfortranのコンパイラをインストールしておく必要がある。加えて、lesstifあるいはopenMotifというものが必要になるため、 Vine Plusからrpmパッケージを取ってきてインストールしておく。
NEWSTAR利用グループ"newstar"を作成する。
インストールディレクトリ/home/newstarを作成し、所有グループをnewstar、利用権限を770とする。
/home/newstarの中にソースファイルnewstar.tar.gzを移し、 tarコマンドで展開する。
/home/newstar/installに移る。
これから使うインストール用設定ファイル"setLINUX"は、使用するシェルがcsh/tcsh用なので、bashを使っている場合は
- tcshコマンドでシェルを変更してsetLINUXを読み込む。
- setLINUXの内容をbash用に書き換えたものをbashで読み込む。

のどちらかを行えば良い。この設定ファイルの中にインストールプログラムのバージョンが書かれているため、別に指定したい場合は記述を書き換える。デフォルトでは"31DEC99"だが、これで問題はないはず。

コマンドラインで"ALL"と入力すると、そのファイルがコンパイル・インストールを行ってくれる。

[root@localhost install]# ALL ←実行する。

...大量のメッセージが流れる...

Compilation seems completed. ←最後にこのメッセージが出れば成功。

[root@localhost install]#

実際に使うときの環境設定を行う。

- /home/newstar/exe/cpulistを書き換える。

[root@localhost exe]# more /home/newstar/exe/cpulist

localhost /home/newstar

↑ホスト名とインストールディレクトリを記入。

/home/newstar/exe/nadmintoolでユーザーの登録を行う。

==============================================
Group (ユーザーアカウント)

Project (解析テーマ名、例えば"H2O maser"など。)
AIPS ID (基本的に、デフォルトの"1"で問題ない。)
Server (cpulistに一致するホスト名を指定する。)
Title (お好みでつける。)
Real name (ユーザーの名前を指定する。)
==============================================

以上を入力したら、"APPLY"ボタンを押せばよい。このとき、登録が正常に行われてもなぜか「mkdir: ディレクトリ `/home/ユーザーアカウント/解析テーマ' を作れません: ファイルが存在します」というメッセージが出てしまうが、気にすることはないらしい (NEWSTARヘビーユーザー談)。

- 作業ディレクトリのアクセス権を変更する。

成功すると、ユーザーアカウントのホームディレクトリに "Project"で指定した解析テーマの名前のディレクトリができるがインストールしたユーザー(root)の所有になっているので、 chownコマンドとchgrpコマンドを使い、所有権を変更する。これから後は、各ユーザーの作業になる。

- 各ユーザーで設定を行う。

ユーザーのホームディレクトリの".rhosts"と".Xdefaults"を変更する。もともとない場合は、新しく作ればよい。 /home/newstar/install/model/dot以下にあるファイルを参考にすること。

[user@localhost seichiro]$ more .rhosts

+localhost

↑ホスト名の前に"+"をつける。

[user@localhost ~]$ more .Xdefaults

!##### NEWSTAR #####!
*NsWin*fontList:-misc-fixed-medium-r-normal--10-*-*-*-*-*-*-*
*NsWin*frame*indicatorType: ONE_OF_MANY_DIAMOND
*NsWin*background: Grey
*NsWin*foreground: MidnightBlue
*NsWin*NsLabel*foreground: Black

*NsWin*menubar*foreground: Blue
*NsWin*selectColor: Green
*NsWin*message*background: Grey88
*NsWin*helptext*background: Grey88
*NsWin*command*background: Grey88
MMM*geometry: +300+200

ButtonPanel*geometry: +0+200
ButtonPanel*EXIT*background: LightCoral
ButtonPanel*ActiveProc*background: Green
TTT*geometry: 620x460-0-0
TTT*canvas*background: Black
TTT*canvas*foreground: Green

最後に、ユーザーのログインシェル設定ファイルに環境変数(PATH,NSHOME)を指定する記述を付け加える。シェルがbashの場合は、.bashrcに以下のように

#==================================
export PATH=$PATH:/home/newstar/exe
export NSHOME=/home/newstar
#==================================

と書き足せば良い。

- 実行する。「/home/newstar/exe/newstar&」と入力して、動けば完了。要求されるパスワードは必要ない(NEWSTARヘビーユーザー談)。
無事インストールできた方、何か"コツ"みたいなものがあったのでしたら、ぜひご連絡ください。

JAVA

以下のURLから、Linux用のJAVA開発環境をダウンロードする。

http://java.sun.com/j2se/1.4.2/ja/download.html

ダウンロードしたファイル (j2sdk-1_4_2-nb-3_5_1-bin-linux.binなどという名前) を実行すると、インストーラが起動する。
インストール先(お好み)には、「/usr/local/j2sdk_nb」を指定して、インストール完了。

NEWSTAR JAVA(1.0)版

ここで紹介するNEWSTAR JAVA版は、2003年春期天文学会で配布されたもの。事前にJAVAをインストールしておく必要がある。

パッケージファイル(JNewstarLinux.tar.gz)を、 /home/の下に展開する(rootの作業)。
/hoem/JNewstarLinux以下の全てのファイルの所有グループをnewstarにする。

chown -R root:newstar /home/JNewstarLinux という具合。

プログラムファイルなどをユーザーが不意に変更してしまわないよう、 root以外は書き込み権限を与えないようにする。

chmod -R 755 /home/JNewstarLinux という具合で。ただし、/home/JNewstarLinux/data/というディレクトリは FITSファイル置き場およびデータファイル置き場、また /home/JNewstarLinux/env/というディレクトリはユーザーの解析パラメータ保存場所となるので、このふたつのディレクトリはユーザーの書き込みも許可しておくこと。

ここまででインストールは完了。あとはユーザーごとの設定。
各ユーザーのホームディレクトリにあるシェルの設定ファイルを変更する。

bashの場合の例を示すと、

# ================================================== #
#
# for jnewstar
#
export PATH=$PATH:/usr/local/j2sdk_nb/j2sdk1.4.2/bin
export PATH=$PATH:/home/JNewstarLinux
alias jnewstar='newstar.sh &'
# ================================================== #

という記述を、.bashrcの最後に書き足す。

.bashrcを読み込み直す。

source ~/.bashrc という具合で。あるいは、ログインし直しても可。

以上の作業は一回行えばそれだけでよい。
jnewstar と入力することで、JAVA版が起動する。

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