De antiguo es conocido este lugar con el nombre de Suyapa, que significa “En el agua de las palmeras”. Probablemente comenzó a poblarse con el establecimiento de trabajo agrícolas y ganaderos en la comarca o con el descubrimiento y laboreo de minas en los lugares cercanos.

A mediados del siglo XIII hay en Suyapa una pequeña población de mulatos y de indios laboríos. En 1747, año que fue hallada la pequeña imagen, Suyapa era habitado por población de indios y mulatos; también habitaban algunos españoles en las fincas que habían en su territorio.

En 1777, Don José de Zelaya pide al Cabildo Eclesiástico, Sede vacante de Comayagua, le conceda licencia de edificar la Ermita de Suyapa. La edificación se llevó a cabo hasta 1780 y fue realizada con la participación de todos los pobladores del lugar: “pululaban gentes de todas edades, unos iban y otros venían trayendo en sus cántaros el agua zarca de la cercana quebrada para verterla en la tierra amontonada y suelta que los pileros iban amasando como un lagar… ...“La construcción es pues producto de la devoción que había crecido entorno a la pequeña imagen de la “Morenita de Suyapa”.

El Sumo Pontífice Pío XI, a petición del Excelentísimo Sr. Arzobispo Agustín Hombach, concedió en el año 1925 un oficio y misa propios para la Santísima Virgen de Suyapa. Es declarada Patrona de Honduras por el Papa Pío XII el 25 de abril de 1953.