Sekolah Menengah Kebangsaan Agama (SMKA) Kota Kinabalu (SMKAKK) merupakan sebahagian daripada sejarah Malaysia yang tidak kurang panjangnya. Walaupun idea penubuhannya terwujud setelah tujuh tahun Sabah berada di dalam persekutuan Malaysia, SMKAKK turut mendapat tempias daripada sejarah beberapa entiti yang telah wujud sebelum kelahiran SMKAKK. Salah satu daripadanya ialah Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) Cawangan Sabah.
Ketika Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) mula beroperasi di Lembah Pantai, Kuala Lumpur pada 18 Mei 1970, Ketua Menteri Sabah, Tun Datu Mustapha Datu Harun pernah mengusulkan kepada Perdana Menteri yang juga Canselor UKM, Tun Abdul Razak Hussein, agar UKM mengembangkan sayapnya ke Sabah. Bagi Tun Datu Mustapha, penubuhan UKM Kampus Sabah dapat memperkukuhkan konsep persekutuan Malaysia.
Kerajaan Persekutuan, dengan restu Kerajaan Negeri Sabah, meluluskan pembukaan UKM Kampus Sabah di kawasan Kebun Kawang (sekarang Limauan, Kinarut), Papar pada tarikh tersebut.
Sekolah Menengah Kebangsaan Agama (SMKA) Sabah dilahirkan di Kota Kinabalu. Ketika itu, SMKA Sabah menumpang di SMK Menggatal (sekarang SMK Bandaraya) di Kampung Gudon, Manggatal, Kota Kinabalu.
UKM Kampus Sabah berpindah ke Bukit Padang, Kota Kinabalu. Kawasan dan bangunan yang ditinggalkan oleh UKM Kampus Sabah di Kebun Kawang, Papar ditukar fungsi menjadi SMKA Sabah.Â
SMKA Sabah (sebelum itu SMKA Limauan dan sekarang SMKA Kimanis) menduduki kawasan tersebut sehingga 11 Disember 2002 kerana berpindah ke Kimanis, Papar pada keesokan harinya. SMKA Tun Datu Mustapha pula dilahirkan di kawasan yang ditinggalkan oleh SMKA Limauan pada 6 Januari 2003.
Sekolah Berasrama Penuh Sabah (SBPS) mula beroperasi sepenuhnya setelah ditubuhkan pada tahun 1978. 16 ekar kawasan yang diduduki oleh UKM Kampus Sabah ditukar fungsi daripada pusat matrikulasi UKM Kampus Sabah kepada SBPS. UKM Kampus Sabah terus beroperasi dengan keluasan yang masih ada ketika itu.
SBPS ditukar nama menjadi Sekolah Menengah Sains Sabah (SMESH) pada 12 April 1997. SMESH menduduki kampus tetapnya sehingga diisytiharkan tidak selamat untuk diduduki oleh Kementerian Kerja Raya pada tahun 2015.
SMESH menduduki sementara kampus lama Institut Pendidikan Guru Kampus Kent di kawasan pekan Tuaran sejak 1 Januari 2016 sementara menunggu projek pembinaan semula SMESH di kampus tetapnya siap pada tahun 2024.
Sekolah Menengah Agama Kota Kinabalu (SMAKK) dilahirkan di kawasan yang ditinggalkan oleh UKM Kampus Sabah pada pertengahan tahun 1990 kerana berpindah ke Pusat Latihan Telekom Manggatal (sekarang Institut Aminuddin Baki Cawangan Sabah), Jalan Tuaran, Kota Kinabalu.
Idea penubuhan SMAKK sebelum itu digagaskan oleh Pengarah Pendidikan Negeri Sabah ketika itu, Datuk Abdul Talib Mohd. Zin melihat kepada perlunya negeri Sabah untuk menambah bilangan sekolah menengah agama. Kelahiran SMAKK pada hari itu menjadikannya SMKA keempat yang ditubuhkan di negeri Sabah selepas SMKA Sabah (1977, sekarang SMKA Kimanis), SMKA Inanam (1988, sekarang SMKA Tun Ahmadshah) dan SMKA Ranau (1989, sekarang SMKA Mohamad Ali Ranau).
SMAKK diasaskan oleh 12 orang pegawai dan kakitangan perintis yang diketuai oleh Pengetua pengasas, Ustaz Haidon Hadi Sapiri. Selain beliau, para pengasas SMAKK ialah Encik Adenan Hussin (Penolong Kanan Pentadbiran), Encik Mohd. Rozaimi Abdul Razak, Encik A. Ismail, Ustaz Anuar Jasimin, Encik Melih Bidin, Puan Mahyami Simih, Encik Azlan Sukir, Ustazah Wan Jah Hasbullah, Puan Zaharah Bani Yamin, Puan Rosnani Harun, Puan Noor Husnah Abdullah dan Encik Nasif Kasim (Pembantu Tadbir).
Seawal 1 Januari tahun tersebut, SMAKK, dengan asas penubuhannya 'Taqwa, Islam, Ihsan', menerima kumpulan pertama pelajar seramai 205 orang yang menduduki empat buah kelas Tingkatan 1 dan tiga buah kelas Tingkatan 4. SMAKK kemudiannya menerima kumpulan pertama pelajar Tingkatan 6 Rendah.
Saudara Mohd. Taufik Abdullah dan Saudari Nor Azizah Madasu masing-masing dipilih menjadi Ketua Pelajar Putera dan Ketua Pelajar Puteri yang pertama. Serentak dengan adanya Ketua Pelajar yang pertama, Badan Pengawas turut mengambil tempat buat pertama kalinya di SMAKK.
Persatuan Ibu Bapa dan Guru (PIBG) turut ditubuhkan pada tahun tersebut dengan Encik Ibrahim Jusoh dipilih menjadi Yang Dipertuanya yang pertama.
Peperiksaan Sijil Pelajaran Malaysia (SPM) bagi pelajar Tingkatan 5 (yang masuk Tingkatan 4 pada Januari 1991) dan Sijil Tinggi Persekolahan Malaysia (STPM) untuk pelajar Tingkatan 6 Atas (yang masuk Tingkatan 6 Bawah pada Jun 1991) dijalankan buat pertama kalinya di SMAKK.
SMAKK rasmi ditukar nama menjadi SMKAKK. Nama SMKAKK terus dipakai sehingga ke hari ini dengan nombor pendaftarannya XRA4003 dan cogan katanya 'Berilmu, Beriman, Beramal'.
SMKAKK melaksanakan program Tahfiz Model Ulul Albab (TMUA). Kumpulan pelajar pertama TMUA seramai 151 orang diterima masuk ke dalam SMKAKK pada Januari tahun tersebut. Muhammad Al Fatih bin Zainun dari Sandakan menjadi pelajar SMKAKK yang pertama dalam sejarah SMKAKK yang khatam hafazan 30 juzuk al-Quran pada 29 September 2017.
Kohort terakhir pelajar perdana (ambilan Januari 2015) menamatkan persekolahan selepas selesainya peperiksaan SPM yang diduduki pada penghujung tahun tersebut.
Kohort pertama pelajar TMUA menamatkan persekolahan selepas selesainya peperiksaan SPM 2020 yang diduduki pada bulan Mac tahun tersebut. 77 daripada 93 orang pelajar yang tamat pengajian pada masa itu telah khatam hafazan 30 juzuk al-Quran. Pada tahun itu juga, TMUA diperluaskan ke Tingkatan 6.
SMKAKK melaksanakan TMUA sepenuhnya dari Tingkatan 1 hingga Tingkatan 6, Semester 3 mulai Julai tahun tersebut. Sejak daripada itu, SMKAKK dapat menerima paling ramai seramai 625 orang pelajar yang memenuhi semua syarat yang ditetapkan oleh Kementerian Pendidikan (KPM) untuk mengikuti program TMUA baik di peringkat SPM mahupun STPM.
Ustaz Hj. Haidon Hadi Sapiri (1990-1992)
Ustaz Hj. Abdul Rahman Hj. Halim (1992-1994)
Ustaz Hj. Md. Zain Hj. Ariffin (1994-2004)
Ustazah Hjh. Aminah Idris (2004-2007)
Ustazah Jaimis Saiman (2007-2012)
Ustazah Hjh. Hapsah Abdul Ghani (2012-2013)
Ustaz Mashanizat Ngasri (2013-2015)
Ustaz Taip Hj. Abdullah (2015-2018)
Yang Berbahagia Datin Ustazah Hjh. Hasnah Mohd. Yakob (2018-2022)
Ustazah Shofriza Washlaine Hj. Muhammad Iyen (sejak 2022)
SMKAKK telah mengalami jatuh dan bangunnya dalam prestasi akademik sejak penubuhannya. Pun begitu, nama SMKAKK sentiasa disebut di bibir-bibir rakyat dan penduduk Malaysia, terutamanya di negeri Sabah, kerana kekuatannya dalam aspek akademik dan keagamaan.
SMKAKK merupakan salah sebuah sekolah menengah dengan kedudukan sepuluh terbaik di peringkat negeri Sabah dalam aspek akademik. Dalam peperiksaan SPM 2021, SMKAKK merupakan sekolah menengah kedua terbaik di negeri Sabah dan SMKA terbaik di negeri Sabah. Lebih daripada itu, Ahmad Nabil Abidin (ASMAKK 2021) turut muncul sebagai pelajar terbaik Sabah dalam peperiksaan SPM 2021 dengan mendapat 9 A+, 2 A dan 1 A-.
Pada tahun 2019, Nurheizatul Azwa Ruspin (ASMAKK 2019) dinobatkan sebagai salah seorang daripada sepuluh Pelajar Terbaik STPM 2019 Peringkat Kebangsaan oleh Majlis Peperiksaan Malaysia.
Sejak tahun 2017, ratusan orang pelajar telah berjaya khatam hafazan 30 juzuk al-Quran dengan bimbingan guru Tahfiz masing-masing. Ada dalam kalangan mereka yang telah mewakili SMKAKK ke pertandingan hafazan al-Quran di peringkat negeri Sabah dan kebangsaan dan memenangi tempat tiga terbaik bagi kategori 10 surah terpilih, 10 juzuk, 20 juzuk dan 30 juzuk dalam pertandingan tersebut.
Pada saat ini, belum ada nama besar dari kalangan alumni SMKAKK yang lahir daripada TMUA. Tetapi, nama seperti Muhammad Nasir Mohammad Mursal (ASMAKK 2010) merupakan antara perintis kepada keberhasilan TMUA di SMKAKK mengingat bahawa beliau pernah mendapat pendidikan tahfiz al-Quran di Darul Quran, Kuala Kubu Bharu dan pengajian Islam di UKM sebelum akhirnya dipekerjakan menjadi guru TMUA di sekolah lamanya sejak tahun 2017.
SMKAKK dengan nasyid tidak boleh dipisahkan. Sebelum industri nasyid menemui matahari terbenamnya pada tahun 2020 kerana penularan COVID-19, SMKAKK terkenal dengan kumpulan nasyid Harmoni yang telah ditubuhkan sekian lama dan telah pernah mewakili negeri Sabah beberapa kali di Festival Nasyid Sekolah-sekolah Peringkat Kebangsaan. Kumpulan Harmoni juga telah sering diundang membuat persembahan dalam berbagai majlis rasmi kerajaan dan acara anjuran pelbagai syarikat dan badan bukan kerajaan di negeri Sabah.
Beberapa orang nama besar lahir dari SMKAKK hasil pendidikan dan latihan yang mereka tempuhi dalam nasyid seperti Afiq Agoes (ASMAKK 2009), adik-beradik Muhammad Taqiyuddin Asmat (ASMAKK 2011) dan Muhammad Fakhrulrazi Asmat (ASMAKK 2012) serta adik-beradik Mohamad Fakhri Arif (ASMAKK 2012) dan Muhammad Fadhil Arif (ASMAKK 2016).
SMKAKK turut dikenali di persada negara dengan bicara berirama bahasa Melayu. Kumpulan Gewira yang terdiri daripada semua pelajar putera Tingkatan 1 hingga 4 telah ditubuhkan pada tahun 2012 dengan Dr. Iskandar Padzil (ASMAKK 2000) menjadi pengasasnya ketika beliau masih bergelar guru di SMKAKK. Seawal itu, mereka telah menjuarai pertandingan bicara berirama bahasa Melayu sekolah menengah di peringkat kebangsaan.
Kali terakhir mereka meraih pencapaian tersebut ialah pada tahun 2022. Tidak setakat itu, tetapi juga persembahan mereka menjadi sohor di media sosial walaupun pertandingan tersebut tidak diadakan pada tahun 2020 dan 2021 kerana penularan COVID-19. Nama yang tidak kurang hebatnya seperti Harundin Abdul Shukur (ASMAKK 2015) merupakan keluaran Kumpulan Gewira dan pada saat ini dipercayakan oleh PIBG SMKAKK untuk menjadi jurulatih bicara berirama SMKAKK.
SMKAKK juga dikenali kerana kebolehannya dalam bahas dan pidato, terutamanya dalam bahasa Melayu dan bahasa Arab. SMKAKK telah beberapa kali mengikuti kejohanan debat antara sekolah dan pertandingan pidato di peringkat kebangsaan. Beberapa orang nama yang tidak asing lahir dari SMKAKK hasil pendidikan dan latihan yang mereka tempuhi dalam bahas dan pidato seperti Ahmad Huzaifah Ahmad Shahrir (ASMAKK 2004), Wan Zainuddin Ali Aspar (ASMAKK 2006), Al Said Utoh Karah (ASMAKK 2012), Muhammad Talhah Jamil (ASMAKK 2015) dan Ahmad Farhan Ansir (ASMAKK 2020).
SMKAKK turut dikenali dengan seni silat sejak sekian lama. Bagi SMKAKK, silat bukan sahaja sejenis seni mempertahankan diri, tetapi juga sejenis sukan yang menjadi bidang kebitaraan. Bagi pesilat SMKAKK pula, silat bukanlah digunakan bagi tujuan permusuhan atau peraduan kekuatan, tetapi untuk mewujudkan keterampilan peribadi baik secara fizikal, mental mahupun rohani. Nama-nama besar dalam silat di Sabah seperti Muhammad Zulhelmi Mohd. Arifin (ASMAKK 2011), Faiz Marsus dan Mohd. Khairul Azfar Abdul Laha (kedua-dua mereka ialah ASMAKK 2012) bukan sahaja pernah menjadi jaguh dalam gelanggang silat di SMKAKK suatu ketika dahulu, malah ada dalam kalangan mereka yang terus berkiprah dengan silat menjadi guru di berbagai tempat di dalam dan luar negeri Sabah.
Ke depan, SMKAKK melihat dirinya bukan sahaja sebagai sebuah SMKA di negeri Sabah, tetapi sebagai sebuah entiti awam di Malaysia milik KPM yang akan melahirkan ulama dan umara, birokrat dan teknokrat dari kalangan Huffaz al-Quran yang mampu menyumbang kepada kelestarian syiar Islam, keamanan dan kemakmuran Malaysia, khususnya negeri Sabah suatu hari nanti. Semua ini dapat terjadi berkat doa restu dan dukungan berbentuk moral, kewangan dan tenaga daripada semua pemegang taruh SMKAKK, iaitu kementerian, jabatan dan bahagian yang menanunginya, Pejabat Pendidikan Daerah tempat letaknya, para pentadbir, guru dan anggota kakitangan pelaksana, para ibu bapa, para alumni dan semua rakan kerjasamanya baik dari sektor awam, sektor swasta mahupun badan bukan kerajaan dan badan masyarakat madani.
Abd Razak Hussin (2021, November 8). Roh intelek UKMS terus hidup. Harian Metro. Dipetik dari https://www.hmetro.com.my/rencana/2021/11/774904/roh-intelek-ukms-terus-hidup pada 13 Ogos 2022.
Media Permata (2022, Jun 17). Bapa lumpuh tidak halang Ahmad Nabil jadi pelajar terbaik SPM. Media Permata. Dipetik dari https://mediapermata.com.bn/bapa-lumpuh-tidak-halang-ahmad-nabil-jadi-pelajar-terbaik-spm/ pada 3 September 2022.
Mustaman Mustain (2017, Oktober 3). ​Bekas murid PASTI Sandakan berjaya hafaz 30 juz Al-Quran. Berita PAS. Dipetik dari https://berita.pas.org.my/%E2%80%8Bbekas-murid-pasti-sandakan-berjaya-hafaz-30-juz-al-quran/ pada 14 Ogos 2022.
Olivia Minuil (2022, Jun 16). I want to be a doctor so I can treat my father, says SPM top scorer. New Straits Times. Dipetik dari https://www.nst.com.my/news/nation/2022/06/805538/i-want-be-doctor-so-i-can-treat-my-father-says-spm-top-scorer pada 3 September 2022.
Universiti Kebangsaan Malaysia (t.th.). Sejarah Penubuhan UKM. Dipetik dari https://www.ukm.my/portalukm/ms/sejarah-ukm/ pada 13 Ogos 2022.