A partir du XIXe siècle, plusieurs documents d'archive signalent le mauvais état dans lequel l'église se trouvait et détaillent les multiples réparations ou transformations, tant extérieures qu'intérieures, qu'elle a subies :
1806 : restauration du groupe de saint Martin ;
1809 : travaux de couverture, revêtement des piliers des tourelles ;
18... : démolition du porche délabré de la porte sud ; condamnation d'ouvertures (notamment une fenêtre ronde au-dessus des fonds baptismaux) ;
1833 : pose d'une barrière devant le sanctuaire (retirée depuis) ;
1838 : réparation de la toiture ;
1839 : badigeonnage des murs intérieurs ;
1851 : exhaussement et parquetage du sol du sanctuaire ;
1854 : déplacement de l'horloge du clocher (supprimée depuis) ;
1855 : travaux dans la chapelle de la Vierge (pose de parquet et d'une barrière en bois) ;
1858 : installation d'un coq de clocher ;
1861 : relèvement du sol depuis l'abside jusqu'au banc d'œuvre ; réfaction du carrelage du chœur ; ouverture de la baie centrale de l'abside ;
1864 : exhaussement du sol des autres parties de l'édifice ;
1873 : crépissage des murs intérieurs et des huit piliers, réfection de la porte à deux vantaux donnant sur la place, de cinq croisées avec renouvellement de trois colonnes avec cintres en pierre de taille et de trois croisées dans le sanctuaire ;
1882 : réparation de la toiture.
Malgré ces travaux, l’église commença à se dégrader sérieusement à partir de 1905 et, à compter des lois séparatistes, aucune grosse réparation ne fut plus réalisée. Trois décennies plus tard, l'édifice se trouvait dans un état pitoyable : la pluie pénétrait à l'intérieur, creusant les dalles, rongeant les poutres, occasionnant la pourriture des objets du culte, des voûtes et des murs ; plusieurs vitraux étaient brisés ; le carrelage était détruit depuis une inondation en 1918 ; la cloche s'était tue ; le clocheton menaçait de s'effondrer.
La préfecture refusant d'accorder la subvention sollicitée par le maire, au motif que l'église n'était pas classée, celle-ci paraissait vouée à la démolition. Toutefois, l'intérêt manifesté par l'évêché et l'intervention de la Sauvegarde de l’Art français permirent une véritable opération de sauvetage avec le concours du Touring-Club de France et de l’Institut de France.
Ainsi, la municipalité décida en 1937 des travaux de couverture sur le clocher et sur les parties situées au nord et au sud de ce dernier, puis des travaux de plus grande envergure en trois tranches : démolition du clocheton, découverture et recouverture sur lattis neuf, réfection de l'égout, des solins et du faîtage, ravalement du clocher et allongement de sa croix (marché du 2 juillet 1938) ; réfection de la toiture du transept et de l'abside avec démolition des tourelles latérales (marché du 6 août 1938) ; découverture et recouverture sur lattis neuf de la nef, dépose et réfection du faîtage et des arêtiers, remplacement de l’égout, rejointement des rempants en maçonnerie, remplacement de chevrons et des tuiles manquantes (marché du 6 septembre 1938). A l'intérieur, la totalité de l'église fut blanchie à la chaux et le sol de la sacristie fut cimenté. Les travaux furent achevés avant l'hiver grâce au concours de bénévoles, notamment les scouts de Saint-Jean-les-deux-Jumeaux.
Le détail des financements est édifiant : 74 % des fonds eurent pour origine le mécénat et des dons, la commune n'ayant eu à supporter que 26 % du coût.
De nouvelles réparations furent effectuées en 1945 sur la charpente et aux coussinets de la cloche, en 1954 puis en 1971 sur la toiture de la sacristie et en 1966-1967 sur les protections des vitraux.
En 1989, une nouvelle campagne de travaux fut lancée : ravalement du clocher, importants travaux de couverture, ajout d'un fleuron en pierre sur le pignon occidental du clocher pour faire le pendant de celui qui existait déjà sur le pignon oriental, installation d'un paratonnerre et remplacement du vieux coq en zinc par un nouveau en cuivre. La couverture fut entièrement refaite au cours des années qui suivirent. En 2004, la porte de côté fut restaurée.
En 2017, à la suite des inondations de l'année précédente, une partie du sol sévèrement détériorée a été carrelée à neuf et une remise de niveau du carrelage existant qui s'est localement affaissé a été effectuée. Il a été également procédé au démoussage de la toiture.
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