Negara diisytiharkan darurat pada malam 16 Mei 1969 di seluruh negara dan Mageran dibentuk di bawah pentadbiran Tun Abdul Razak. Parlimen dibubarkan.
Peristiwa 13 Mei 1969 menyebabkan Tunku Abdul Rahman dipersalahkan oleh orang Melayu dan Malaysia secara keseluruhannya. Berikutan itu, Tunku Abdul Rahman meletakkan jawatan pada tahun 1970. Buku "Dilema Melayu" (Malay Dilemma) oleh Tun Dr Mahathir telah diharamkan. Dikatakan gandingan Tun Dr Mahathir dan Anwar Ibrahim memburukkan Tunku Abdul Rahman. Keadaan akhirnya dapat dikawal dan beberapa keputusan telah diambil bagi mencari jalan penyelesaian termasuklah penubuhan beberapa badan seperti Majlis Perundingan Negara, Dasar Ekonomi Baru dan Rukun Negara telah diciptakan.
Ternyata langkah Tunku Abdul Rahman penyingkiran Singapura dari Malaysia tidak menyelesaikan masalah perkauman. Peristiwa 13 Mei 1969 merupakan kemuncak kemarahan lama orang Melayu kerana mereka miskin di tanah air mereka sendiri.
Tahun 1969 pilihan raya diadakan semula dan memberi kemenangan 2/3 semula kepada kerajaan yang memerintah. Barisan Nasional dibentuk. Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur dibentuk bagi mengurangkan pengundi Cina dalam Dewan Undangan Negeri Selangor. Beberapa ahli politik yang dianggap berbahaya telah ditahan melalui Akta Keselamatan Dalam Negeri (ISA). Persempadanan pilihan raya yang lebih bijaksana dan seimbang telah dilaksanakan. Sistem demokrasi pilihan raya dan tafsiran hak ekonomi (hak-hak keistimewaan bumiputera) mendapat tafsiran semula.