Pemikiran Syekh Abdus Samad Al-Palimbani banyak berakar dari ajaran tasawuf Imam Al-Ghazali. Beberapa pokok ajarannya adalah:
1. Ilmu dan amal harus berjalan beriringan, karena ilmu tanpa amal tidak bermanfaat, dan amal tanpa ilmu tidak diterima.
2. Tasawuf sejati harus tetap berlandaskan syariat Islam, bukan hanya pada amalan mistik atau dzikir semata.
3. Pembersihan hati dari sifat-sifat tercela seperti sombong, iri, dengki, dan cinta dunia merupakan kunci mendekatkan diri kepada Allah.
4. Jihad tidak hanya berarti berperang melawan musuh, tetapi juga melawan hawa nafsu dan kebodohan.
5. Seorang Muslim sejati harus memiliki akhlak yang baik, disiplin dalam beribadah, dan bertanggung jawab dalam kehidupan sosial.