Pemikiran Syekh Abdus Samad Al-Palimbani berpusat pada tasawuf dan pembinaan akhlak.
Pokok-pokok pemikirannya:
1. Mahabbah (Cinta kepada Allah)
Menurutnya, cinta kepada Allah adalah puncak dari perjalanan spiritual manusia.
2. Keselarasan Syariat dan Hakikat
Tasawuf sejati tidak boleh keluar dari ajaran syariat Islam.
3. Pembersihan Jiwa (Tazkiyatun Nafs)
Manusia harus membersihkan hati dari sifat sombong, riya, dan cinta dunia.
4. Pendidikan Jiwa dan Akhlak
Beliau menekankan pentingnya pendidikan rohani agar manusia mencapai kebahagiaan hakiki.