El Ministerio de Educación está dividido en varios viceministerios que se encargan de áreas específicas. Los principales viceministerios son:
Viceministerio de Educación Preprimaria y Primaria (VMEP): Encargado de la educación en los niveles preescolar, primaria y alfabetización.
Viceministerio de Educación Secundaria (VMES): Atiende la educación en los niveles de educación básica y media, abarcando tanto la educación general como la técnica y vocacional.
Viceministerio de Educación Extraescolar (VMEEX): Se ocupa de programas educativos dirigidos a adultos, educación a distancia y otros enfoques educativos no formales.
Viceministerio de Educación Técnica y Formación Profesional (VMTFP): Está enfocado en la educación técnica y la formación profesional de jóvenes y adultos.
Viceministerio de Planificación y Evaluación (VMPYE): Responsable de la planificación y evaluación del sistema educativo, supervisando los proyectos y programas implementados en el sector.