Además de la estructura interna, el MINEDUC tiene una serie de instituciones y entidades que colaboran en el cumplimiento de sus objetivos, tales como:
Consejo Nacional de la Enseñanza (CNE): Un órgano encargado de asesorar en la elaboración de políticas educativas.
Unidad de Gestión y Administración Educativa (UGAE): Se encarga de la administración y distribución de los recursos y presupuestos en el sector educativo.
Instituto Nacional de Formación Docente (INFOD): Ofrece capacitación y formación continua a los docentes.