Existen diversas direcciones generales que supervisan aspectos específicos dentro del sistema educativo. Algunas de las más relevantes incluyen:
Dirección General de Educación Preprimaria y Primaria: Se enfoca en la administración y supervisión de las escuelas de educación básica (preprimaria y primaria).
Dirección General de Educación Secundaria: Encargada de coordinar los procesos relacionados con la educación secundaria en general.
Dirección General de Formación Profesional y Técnica: Se encarga de la promoción y regulación de la educación técnica y la formación profesional.
Dirección General de Currículum y Evaluación: Supervisan la implementación del currículo escolar y los procesos de evaluación.
Dirección General de Innovación Educativa: Encargada de promover la innovación en los procesos educativos.