1. Muñoz-Rojas J. and J. Caballero-Mellado. 2001. Gluconacetobacter diazotrophicus, modelo de bacteria endófita. pp. 157-176. En: Microbios en línea. E. Martínez-Romero y J. Martínez-Romero (Eds). UNAM. 2ª edición 2004.
2. Muñoz-Rojas J., and Caballero-Mellado J. 2002. Sugarcane growth promotion depends on the plant cultivar and genotype of Gluconacetobacter diazotrophicus. P. 475. In Finan T. M., M. R. O’Brian, D. B. Layzell, J. K. Vessey and W. Newton (eds.), Nitrogen fixation: global perspectives. CABI International.
3. Muñoz-Rojas J*. 2004. Bacteriocinas: Una estrategia de competencia microbiana propuesta como alternativa de antibióticos dirigidos para el futuro humano. En: Microbios en línea (2ª. Edición). E. Martínez-Romero y J. Martínez-Romero (Eds). UNAM.
4. Díaz-Cabrera E., Muñoz-Rojas J., Martínez-Contreras R. D. 2010. Identificación de hongos ascomicetos mediante PCR. Capítulo 3.8. pp. 131-133. Procesos Celulares Fundamentales. Manual de prácticas de laboratorio. Ediciones Color S.A. de C.V. 2000. ISBN: 978-607-9108-00-7.
5. Morales-García Y. E., Juárez-Hernández D., Ramos-Castillo G., Muñoz-Rojas J*. 2010. Germinación de semillas axénicas de maíz. Capítulo 7.15. pp. 281-283. Procesos Celulares Fundamentales. Manual de prácticas de laboratorio. Ediciones Color S.A. de C.V. 2000. ISBN: 978-607-9108-00-7.
6. Morales-García Y. E., Martínez-Lazalde J. E., Montenegro-Camacho G., Huerta-Gómez M. C., Muñoz-Rojas J*. 2010. Antagonismo entre bacterias mediante inhibición simultanea. Capítulo 7.14. pp. 278-280. Procesos Celulares Fundamentales. Manual de prácticas de laboratorio. Ediciones Color S.A. de C.V. 2000. ISBN: 978-607-9108-00-7.
7. Morales-García Y. E., Juárez-Hernández D., Pérez-y-Terrón R., Muñoz-Rojas J*. 2010. Adhesión y colonización de bacterias PGPR. Capítulo 7.13. pp. 275-277. Procesos Celulares Fundamentales. Manual de prácticas de laboratorio. Ediciones Color S.A. de C.V. 2000. ISBN: 978-607-9108-00-7.
8. Muñoz-Arenas L. C., Pazos-Rojas L. A., Krell T., García-López D., Pérez-y-Terrón R., Muñoz-Rojas J*. 2010. Uso de exudados en quimiotáxis y crecimiento microbiano. Capítulo 7.12. pp. 270-274. Procesos Celulares Fundamentales. Manual de prácticas de laboratorio. Ediciones Color S.A. de C.V. 2000. ISBN: 978-607-9108-00-7.
9. Rodríguez-Andrade O., Morales-García Y. E., Hernández-Flores A., Barranco V., Muñoz-Rojas J*. 2010. Supervivencia de bacterias bajo condiciones de estrés osmótico. Capítulo 7.11. pp 266-269. Procesos Celulares Fundamentales. Manual de prácticas de laboratorio. Ediciones Color S.A. de C.V. 2000. ISBN: 978-607-9108-00-7.
10. Pazos-Rojas L. A., Rodríguez-Andrade O., Muñoz-Arenas L. C., Bustillos-Cristales M. R., Muñoz-Rojas J*. 2010. Efecto del pH sobre el crecimiento bacteriano. Capítulo 7.10. pp. 262-265. Procesos Celulares Fundamentales. Manual de prácticas de laboratorio. Ediciones Color S.A. de C.V. 2000. ISBN: 978-607-9108-00-7.
11. Corral-Lugo A., Rodríguez-Andrade O., González-Vázquez A., de la O Morales A., Muñoz-Rojas J*. 2010. Cuantificación de bacterias por goteo en placa. Capítulo 7.9. pp. 258-261. Procesos Celulares Fundamentales. Manual de prácticas de laboratorio. Ediciones Color S.A. de C.V. 2000. ISBN: 978-607-9108-00-7.
12. Muñoz-Rojas J*. 2013. Desecación de bacterias benéficas y su impacto en agrobiotecnología: avances y retos. En Alcantara-Flores J. L., Reyes-Ortega J. y Ortíz-Muñoz E. (Eds.). “Seminario de Investigación y Cultura Dr. Oscar Sánchez Daza 2011”. Instituto de Ciencias-Facultad de Ingeniería Química, Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, Puebla, México. ISBN: 03-2013-08161 1583700-01.
13. Pérez-y-Terrón R., Muñoz-Rojas J., Huesca-Huesca J. R. 2014. Flora bacteriana asociada a cultivos de jitomate (Lycopersicon esculentum, Mill) en el estado de Puebla, México. En Congreso Internacional sobre Biología y Agronomía CIBA2013. Francisco Santillán-Campos (ed). ISBN: 978-607-619-015-9.
14. Castañeda-Antonio M. D., Santamaría-Juárez J. D., Barranco-Aguilar M., Muñoz-Rojas J., Portilo-y-Reyes R., Carreño-López R., Martínez-Carrera C. D. 2014. Eisenia foetida como bioindicador en la eficiencia de la restauración del suelo impactado por hidrocarburos. En Ciencia, Ingeniería y Sustentabilidad Ambiental: un enfoque multidisciplinario. José Alberto Galicia Aguilar, Mario Tornero Campante (Eds.). Publicación especial de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, Puebla, México. Pp 91-104. ISBN: 978 607 487 657 4.
15. Santiago-Pineda A. Muñoz-Rojas J., Martínez-Martínez L. 2014. Identificación de especies del complejo Mycobacterium tuberculosis mediante patrones de restricción (PRA). En Espejo-Martínez et al., (eds). Perspectivas Científicas Arbitradas. Universidad Autónoma “Benito Juárez” de Oaxaca, Oaxaca, México. Pp. 217-220. ISBN: 978-607-9061-16-6.
16. Catherine Cesa-Luna, Alberto Aguayo-Acosta, Ivonne Hernández-Luna, Araceli Ramírez-Valverde, Celia Aragón-Hernández, Jhyovani Zaird López-Villa, Rocío Pérez-y-Terrón, Jesús Muñoz-Rojas*. 2015. Evaluación de una sustancia inhibitoria presente en un extracto obtenido a partir de Sphingomonas sp. DS-204 frente a cepas de Streptococcus β-hemolíticos. En Alejandro Hernández-Morales (Ed.). Tendencias de Investigación en Biotecnología y Ciencias Agropecuarias. Universidad Autónoma de San Luis Potosí, México. Pp. 31-36. ISBN: 978-607-9453-08-4.
17. Rocío Pérez-y-Terrón, Salomón Fuentes Cruz, Martha Bibbins, Jesús Muñoz-Rojas, José Antonio Rivera Tapia, Rebeca D. Martínez Contreras. 2015. Bacterias aisladas de aguas residuales y crecimiento en diferentes concentraciones de colorantes y solventes. En: María del Rocío Ramírez Jiménez, Luis Jonás Gonzalez del Angel y Eduardo Álvarez Navarro (Eds.). Ciencias Biológicas y Químicas. La labor investigadora e innovadora en México. Science Associated Editors L.L.C. Estados Unidos de América. Capítulo 4. Pp. 65-87. ISBN-10: 1-944162-07-0. ISBN-13: 978-1-944162-07-8.
18. Muñoz-Rojas J*., Morales-García Y.E., Baez-Rogelio A., Quintero-Hernández V., Rivera-Urbalejo A.P., Pérez-y-Terrón. 2016. Métodos económicos para la cuantificación de microorganismos. En Science Associated Editors L.L.C. Instituciones de Educación Superior. La labor investigadora e innovadora en México. SCASED. Estados Unidos de América. Capítulo 5. Pp. 67-82. ISBN-10: 1-944162-16-X. ISBN-13: 978-1-944162-16-0.
19. Morales-García Y. E.*, Baez A., Quintero-Hernández V., Molina-Romero D., Rivera-Urbalejo A. P., Pazos-Rojas L. A., Muñoz-Rojas J*. 2019. Bacterial Mixtures, the Future Generation of Inoculants for Sustainable Crop Production. Chapter 2. In D. K. Maheswari and S. Dheeman (Eds.), Field Crops: Sustainable Management by PGPR. Sustainable development and Biodiversity 23. Springer Nature, Switzerland AG. Print ISBN: 978-3-030-30925-1; Online ISBN: 978-3-030-30926-8.