Satuan Penjaminan Mutu (SJM) telah didirikan sejak PPs berdiri di tahun 2002, namun setelah tsunami atau di tahun 2005 belum terstruktur secara jelas. Baru pada periode 2010 - 2015 SJM memiliki struktur resmi di bawah Direktur Pascasarjana. Berdasarkan Peraturan Rektor Unsyiah secara eksplisit SJM mempunyai tugas dan tanggung jawab untuk membantu Direktur dan dua orang wakil Direktur (I, II) dalam pengelolaan PPs, khususnya dalam penjaminan pemenuhan standar pendidikan tinggi secara berkelanjutan. Secara umum Sistem penjaminan mutu di PPs Unsyiah mengacu pada Permendikbud No. 50 Tahun 2014 Tentang Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi, yang terdiri dari penjaminan secara eksternal dan internal.