Esercizi

Eserzio #1

Qual'è ll simbolo ufficiale (identificativo) di questo gene umano: RB transcriptional corepressor like 1 ?

Quanti trascritti alternativi codificanti per proteina sono annotati per questo gene nella Banca dati Ensembl?

Esercizio #2

Qui di seguito viene riportata parte della sequenza del 3'UTR del trascritto di un dato gene umano.

Di quale microRNA dei due indicati qui sotto può essere target questo gene? Motiva la tua scelta.

Nota: nella sequenza dei miRNA è stata evidenziata in rosso la porzione di sequenza denominata seed.

3'UTR: 5'..............UUUUUCAAUUUUAAGAAGAAAAGGGAUUUUGGUCACAUUUUGCUUGUAAAUGAAAAUUACAUCCUCAUUCUUUGUGUAGU...........3'

hsa-miR-X: 5'-CAUUUACACGUGACGUAGUCUG-3'

hsa-miR-y: 5'-AAAGGGAUCGUGACGUAGUCUG-3'

Esercizio #3

Crea un file BED, comprensivo dell'informazione relativa al filamento codificante, per i seguenti due geni umani: BRCA1 e BRCA2. 

Includi nella tua risposta il nome della risorsa utilizzata e allega una foto allo schermo più rappresentativa possibile delle opzioni attivate sulla risorsa scelta per ottenere le informazioni richieste.

Esercizio #4

Il dataset di GEO GSE15781 offre dati di espressione in campioni tumorali (tumore al colon) e normali (colon), ottenuti tramite piattaforma di Microarray.

Quante probes sono differenzialmente espresse (DE) tra campioni di tipo tumorale (13 samples) e campioni di tipo normale (10 samples) secondo il dataset di GEO GSE15781?  [Nota: considera nella tua analisi solo campioni di tipo Tumour e campioni di tipo Normal, tralascia invece i campioni irradiated]

Allega il file di output ottenuto come risultato dell'analisi di espressione differenziale che hai effettuato per scoprire il numero di probes DE.

Indipendentemente da quanti campioni hai usato tu nell'analisi, quanti campioni totali contiene il dataset di GEO GSE15781?

Esiste un gene corrispondente per tutte le probes di questo Microarray? Motiva la tua risposta.

Esercizio #5

Scarica la lista di identificativi di geni umani che trovi online a questo link. 

• quanto è lunga questa lista di geni? 

• quanti geni contengono il numero 9 nel loro identificativo? 

Indica (nel modo più sintetico possibile) il metodo da te usato per rispondere alle due domande elencate qui sopra e - se opportuno - scrivi il  comando o i comandi bash eventualmente da te usati per trovare la risposta

Esercizio #6

Sempre facendo riferimento alla stessa lista di geni umani già usata nell'esercizio #5, e che trovi online a questo link: 

• In quali annotazioni funzionali "sono arricchiti" questi geni (scrivimi i primi 3 termini più significativamente arricchiti)? Indica la risorsa da te usata per rispondere a questa domanda, e allega i risultati dell'analisi effettuata (tabella e, se disponibile, relativa immagine)

Esercizio #7

Scarica la sequenza che trovi online a questo link. 

• Dove mappa questa sequenza sul genoma umano?

• Se in questa regione dove mappa la sequenza è annotato un qualche gene umano, indica l'identificativo di questo gene

• Allega una immagine della regione in cui mappa questa sequenza, così come visualizzata nello UCSC Genome Browser

Esercizio #8

• Qual'è la forma prevalente (più abbondante) di miRNA maturo espresso dal precursore umano hsa-mir-21? Indica l'identificativo di questo miRNA prevalente. 

• Che cosa è  il trascritto umano hsa-mir-100? Qual'è il suo identificativo (Accession) nella banca dati miRBase?

Esercizio #9

Crea una tabella che contenga tutti i geni umani (Ensembl Stable ID e Official symbol da HGNC) annotati con il termine GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)