For students

Gli studenti interessati a svolgere un tirocinio e/o tesi di laurea (triennale o magistrale) su argomenti attinenti ai nostri progetti di ricerca o ai nostri corsi universitari sono pregati di inviare una email a Giorgio Bertorelle, Silvia Fuselli, e Andrea Benazzo (tre indirizzi in cc) per fissare un colloquio.

Nei video seguenti trovate una breve descrizione delle attività di ricerca. Di seguito, alla fine della pagina, alcune tematiche per possibili progetti di tesi triennale e/o magistrale.

Alcune possibili tematiche sulle quali si potrebbe sviluppare un progetto di tesi/tirocinio

La effettiva disponibilità deve essere verificata con i docenti e i collaboratori

1. Simulazioni evoluzionistiche di variabilità genetica mediante un software (Slim, info su https://messerlab.org/slim/). Si impara a svolgere semplici di simulazioni per capire l’evoluzione della variabilità genetica

2. Identificazione di geni potenzialmente associati alla docilità (scaricati da banche dati) e ricerca nel genoma dell’orso marsicano. Si tratta di proseguire il lavoro già in parte svolto in una precedente tesi magistrale (disponibile), partito da un articolo del 2017 (si veda https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1707279114 e http://www.unife.it/it/notizie/news/2017/ottobre/genomica-orsi). Si impara a ottenere dati genetici da banche date pubbliche e ad usare un genoma di riferimento.

3. Studio dell’ibridazione tra diverse specie di tartarughe marine a partire da dati genomici. Si imparano le basi di un metodo statistico basato su simulazioni (ABC, review in https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1365-294X.2010.04690.x). Si imparano le basi e i primi passi del metodo. Più adatto a chi vuole proseguire con la Laurea Magistrale sullo stesso progetto.

4. Stima di semplici statistiche di variabilità genomica in diverse popolazioni di lucertola delle Eolie o ululone appenninico (https://endemixit.com/). Si impara a gestire allineamenti di frazioni di genoma e ad utilizzare un tool bioinformatico di base

5. Studio delle sequenze (e soprattutto del numero di copie) in 1-3 geni di rilevanza in farmacogenetica in diversi genomi di riferimento in diverse specie di ursidi (incluso orso marsicano). Si impara a consultare un genoma di riferimento, e cercare geni specifici (e loro numero di copie). Si veda per esempio https://www.nature.com/articles/gim2017156 per l’uomo

6. Utilizzo di dati genetici in testuggine di Herman per fare assegnazione geografica. Si parte dallo studio https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2020.102447, e si prova il nuovo metodo basato su machine learning in http://doi.org/10.7554/eLife.54507. Si imparano le basi di un nuovo metodo statistico, e il suo utilizzo con dati reali. Si confrontano le performance di due metodi statistici.

7. Studio di geni associati a numero di falangi in testuggini e tartarughe marine. Si parte dallo studio https://doi.org/10.1007/s13127-019-00413-3. Si cercano geni rilevanti in nostri dati genomici, e si confrontano con altre testuggini e tartarughe. Si impara a gestire dati genomici, a selezionare geni e a confrontarli.

8. Studio delle differenze genetiche tra due sottospecie di testuggine di Hermann a partire da dati genomici. Si impara a gestire dati genomici, e a stimare statistiche di variabilità. Si parte da https://doi.org/10.1093/jhered/est071

9. Studio del numero di copie in alcuni geni del sistema olfattivo in orso marsicano. Confronto marsicani non marsicani. Nel polare ci sono meno copie rispetto al bruno (shift a dieta prevalentemente carnivora). Nell’orso marsicano ci sono più copie (visto che è quasi solo vegetariano)? Livelli di variabilità diversi/simili a questi geni? Si imparano diversi tool bioinformatici. Tesi più adatta a chi vuole proseguire con la Laurea Magistrale su stesso progetto. Si parte da https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1707279114 e https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1901093116

10. Alcuni esempi di articoli per tesi prevalentemente compilative

10.1 Albrecht, J., Bartoń, K. A., Selva, N., Sommer, R. S., Swenson, J. E., & Bischof, R. (2017). Humans and climate change drove the Holocene decline of the brown bear. Scientific Reports, 7(1), 10399.

§ Dati paleoclimatici e di presenza assenza (anche in siti archeologici). Discutere questo studio in confronto con ricostruzioni basate su dati genetici (incluso 10.1073/pnas.1707279114). I dati (non genetici) potrebbero anche usati per tesi sui metodi usati, tipo regressione logistica.

10.2 Majolo, B. (2019). Warfare in an evolutionary perspective. Evolutionary Anthropology, 28(6), 321–331.

§ Tesi compilativa sulla sociobiologia dei conflitti nell’uomo e in altri animali. Questo potrebbe essere la review di partenza. Altri suggerimenti: An evolutionary theory of large-scale human warfare: group structured cultural selection. Evol. Anthropol. 24, 50-61.The phylogenetic roots of human lethal violence. 2016 Nature 538, 233-237

10.3 Usubiaga-Liaño, A., & Ekins, P. (2021). Monitoring the environmental sustainability of countries through the strong environmental sustainability index. Ecological Indicators, 132, 108281.

§ Tesi compilativa per biologi che vogliono approfondire il concetto di sostenibilità ambientale e alcuni recenti metodi per misurarla, e collegarla a concetti biologici (biodiversità) spesso poco considerati da economisti ambientali.