O Programa de Especialização foi implantado no Departamento de Engenharia Química da Universidade Federal de São Carlos (DEQ/UFSCar) em 2010 (PRH-44 na primeira fase do programa), por meio de um convênio firmado com a Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis (ANP) e renovado em 2019 mediante novo convênio (PRH-39.1 na segunda fase do programa), com a participação da FINEP até 30 de julho de 2024 e agora com a entrada da FAPESP a partir de 01 de agosto de 2024 com a assinatura do ACORDO DE COOPERAÇÃO TÉCNICA Nº 16/2024. Em 2024, ao celebrar 25 anos de existência, o PRH-ANP passou por um processo de aprimoramento. Neste novo periodo o PRH-39.1 passa a ser chamado de  PRH-39: Programa de Especialização em Biocombustíveis e Energias Alternativas.

O oferecimento do Programa de Especialização em Biocombustíveis e Energias Alternativas, em níveis de graduação e pós-graduação, surgiu como uma consequência natural do trabalho já desenvolvido em pesquisa e ensino envolvendo etanol e biodiesel e também está relacionado com a localização física do campus da UFSCar, na região de Ribeirão Preto, que se destaca por ser um dos maiores polos de produção de cana-de-açúcar e etanol do país. Isso leva a uma relação natural com as usinas da região e de todo o Estado de São Paulo.