En los escasos recovecos que resisten el paso del tiempo del edificio original, se encuentra lo que antaño fue la sede del Colegio Imperial. Fundado en 1603 por la Emperatriz María de Austria, hija de Carlos V, este centro de aprendizaje nació con el propósito de educar a la nobleza. Sin embargo, en 1625, Felipe IV entregó las riendas a los Jesuitas, transformando la institución en diferentes identidades: los Reales Estudios, el Colegio Imperial de la Compañía de Jesús o el Colegio de San Pedro y San Pablo de la Compañía de Jesús en la Corte. Con el tiempo, se bautizó como los Reales Estudios de San Isidro.

La presencia jesuita en 1767 sumió a los Reales Estudios en un silencio académico, pero tres años después, Carlos III reabrió sus puertas, otorgando cátedras por mérito y ampliando la biblioteca en 1785, convirtiéndola en faro de conocimiento público.

En 1815, Fernando VII restituyó la institución a los jesuitas, sin embargo, el paréntesis del trienio liberal, entre 1820 y 1823, obligó a la educación no laica a asumir una pausa. La transición hacia la secularización se plasmó en 1835, con la introducción de los Estudios Nacionales, que una década después se alzaron como la Universidad Literaria de Madrid. Pero en 1836, con la desamortización de Mendizábal, finalmente el edificio fue desalojado.

En la actualidad, el Instituto despliega sus enseñanzas bilingües en inglés y francés, resguardando una moderna biblioteca en la planta superior, y repleta de las últimas tecnologías. No obstante, su tesoro más preciado, el museo en la planta baja, recrea una clase de antaño y exhibe una colección de animales disecados, junto con cuatro plantas que albergan exposiciones variadas, desde expedientes y fotografías de alumnos ilustres hasta libros, mapas y trabajos estudiantiles, así como objetos del laboratorio de Física y Gabinete de Historia Natural, reliquias rescatadas del olvido.