Es la colección mejor conservada del instituto constituyendo una de las colecciones científicas educativas más valiosas del país. A pesar de ello todavía no se han logrado los fondos suficientes para su cuidado y una muy necesaria restauración. Actualmente se ha presentado un proyecto encabezado por el Departamento de Historia de la Educación de la UNED, gracias al cual se pretende la catalogación del material del gabinete. 

La colección de más de 800 aparatos del gabinete Física y Química del San Isidro fueron cedidos en depósito para su cuidado y restauración al Ministerio de Cultura en 1985. Posteriormente en el año 1998 la colección pasó al recién creado Museo Nacional de Ciencia y Tecnología. Con el paso del tiempo la relación de los instrumentos entre sí y con el Instituto se está perdiendo. Una parte de los aparatos del San Isidro se pueden ver en la colección que de forma permanente se expone en dicho museo.