Definición: Es la rama de la microbiología que estudia los microorganismos que afectan la calidad del agua y alimentos. Es la encargada de promover las medidas para asegurar la inocuidad, el buen estado y la salubridad de dichos productos, además de mantener una estricta vigilancia de las condiciones y prácticas para preservar la calidad de los alimentos y de este modo evitar las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA). [1]

La microbiología de alimentos investiga las siguientes características [1]:

1- Estructura: Forma, tamaño y agrupación. (Descritas en los objetos 2 y 3)

2- Resistencia: Capacidad de sobrevivir en su entorno, esto a través de varios mecanismos como [17]:

• Formación de esporas: Algunas bacterias forman esporas capaces de sobrevivir a condiciones adversas como altas temperaturas, pH´s extremos o deshidratación.

• Producción de toxinas: Algunas bacterias producen toxinas que compiten con otros microorganismos y causar enfermedades en huéspedes.

• Biofilms: Algunos microorganismos producen biofilms en la superficie de alimentos para protegerse de factores externos de estrés.

• Tolerancia a condiciones extremas: Algunos microorganismos pueden tolerar condiciones ambientales extremas, como temperaturas altas o bajas, altas concentraciones de sal o azúcar, y niveles de pH extremos. 

• Adaptación metabólica: Los microorganismos pueden adaptar su metabolismo para sobrevivir en diferentes condiciones nutricionales y ambientales, lo que les permite aprovechar una variedad de sustratos presentes en los alimentos.

3- Ecología: Los microorganismos se encuentran de manera natural en el ambiente, tanto en suelo, agua, aire y superficies, por lo que los alimentos se pueden contaminar durante su producción, procesamiento, almacenamiento o manipulación, esto puede ocurrir directamente o a través de vectores.

4- Secuelas: La presencia de microorganismos en los alimentos puede traer consecuencias en su calidad, estas consecuencias pueden ser tanto positivas como negativas.

En las positivas encontramos casos como la fermentación, por ejemplo en el yogurt o el pan, en donde es un proceso necesario para la elaboración del alimento.

En las negativas encontramos cosas como:

• Descomposición y deterioro del alimento: Produciendo cambios en sus características organolépticas.

• Toxicidad: Por la producción de toxinas que, si bien no cambian sabores o texturas en los alimentos, son causantes de diversas enfermedades en los humanos.

5- Crecimiento: Capacidad de desarrollo y crecimiento en los alimentos, esto porque los alimentos contienen el sustrato necesario para que los microorganismos se desarrollen y produzcan metabolitos como toxinas o esporas.