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Profesores-Investigadores
Dr. Marco Antonio
Ramos Ibarra
Dra. Rosa Elena
Mares Alejandre
Dra. Patricia Lilián Alejandra
Muñoz Muñoz
Dr. Samuel Guillermo
Meléndez López
Profesores Asociados
M.C. Guadalupe Alejandra Chávez Meléndrez
Profesora Asociada
Estrategias computacionales y experimentales para el estudio de fosfatasas de interés biomédico y biotecnológico.
Dr. Pablo Alfonso Madero Ayala
Profesor Asociado
Estrategias computacionales y experimentales para el desarrollo de sustratos fluorescentes e inhibidores competitivos de enzimas de interés biomédico.
Publicaciones
Frayde-Gómez H, Chimal-Vega B, Pulido Capiz A, Muñoz-Ayala A, Galindo-Hernández O, Víque-Sánchez JL, Leija-Montoya AG, Díaz-Molina R, Madero-Ayala PA, Ramos-Ibarra MA, García-González V. The translation factor eIF4E is a key mediator of doxorubicin resistance: Insights from a triple-negative breast cancer model. Scientific Reports 2026; DOI: 10.1038/s41598-025-31313-6. PMID: 41501122.
Madero-Ayala PA, Mares-Alejandre RE, Muñoz-Muñoz PLA, Meléndez-López SG, Ramos-Ibarra MA. Structure-Based Insights into Stefin-Mediated Targeting of Fowlerpain-1: Towards Novel Therapeutics for Naegleria fowleri Infections. Pharmaceuticals 2025; 18(11): 1606. DOI: https://doi.org/10.3390/ph18111606. PIMD: 41304853.
Muñoz-Muñoz PLA, Terán-Ramírez C, Mares-Alejandre RE, Márquez-González AB, Madero-Ayala PA, Meléndez-López SG, Ramos-Ibarra MA. Surface Engineering of Escherichia coli to Display Its Phytase (AppA) and Functional Analysis of Enzyme Activities. Curr Issues Mol Biol. 2024; 46(4): 3424-3437. DOI: 10.3390/cimb46040215. PMID: 38666945.
Madero-Ayala PA, Mares-Alejandre RE, Ramos-Ibarra MA. In Silico Structural Analysis of Serine Carboxypeptidase Nf314, a Potential Drug Target in Naegleria fowleri Infections. Int J Mol Sci. 2022; 23(20): 12203. DOI: 10.3390/ijms232012203. PMID: 36293059.
Madero-Ayala PA, Mares-Alejandre RE, Ramos-Ibarra MA. A Molecular Dynamics Approach on the Y393C Variant of Protein Disulfide Isomerase A1. Chem Biol Drug Des. 2020; 96(6): 1341-1347. DOI: 10.1111/cbdd.13700. PMID: 32352225.
Estudiantes
QFB. Miriam Valenzuela Becerra
Estudiante de Maestría en Ciencias
Tesis: Producción recombinante y caracterización funcional de NfPDIA1L, una proteína de N. fowleri similar a las disulfuro oxidorreductasas del tipo PDIA1.
Descripción breve: Esta tesis se enfoca en la caracterización de la NfPDIA1L recombinante, el análisis de sus propiedades bioquímicas y la evaluación de su papel en el plegamiento oxidativo de proteínas. Asimismo, se propone comprender la operatividad de esta enzima en la biología y la patogenicidad de Naegleria fowleri. El objetivo es aportar conocimiento sobre su relevancia biotecnológica o biomédica.
pQFB. Jhonatan Hazael Osuna Leal.
Estudiante de Licenciatura.
Tesis: Análisis funcional de un biocatalizador de células completas que exhibe actividad endoquitinolítica: aumento de la estabilidad estructural mediante ingeniería de disulfuros y el efecto de la temperatura sobre la función proteica.
Descripción breve: Esta tesis aborda el análisis funcional de un biocatalizador basado en células completas con actividad endoquitinolítica. Se evaluará el incremento de su estabilidad estructural asociado a la introducción de enlaces disulfuro mediante ingeniería proteica. Asimismo, se estudiará el efecto de la temperatura sobre su actividad catalítica. El objetivo es mejorar su desempeño en aplicaciones biotecnológicas.
pQFB. Sahín Zamira Flores Valdez
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Expresión de EhCP1 en el periplasma bacteriano, efecto del ambiente redox sobre su actividad proteolítica y plegamiento oxidativo asistido por la oxidorreductasa EhPDIp38.
Descripción breve: Esta tesis aborda la expresión de la cisteína proteasa 1 de E. histolytica (EhCP1) en el periplasma bacteriano como estrategia para favorecer su plegamiento oxidativo correcto. Se analizará el efecto del ambiente redox sobre su estabilidad estructural y su actividad catalítica. Además, se evaluará el papel de EhPDIp38 en el plegamiento de EhCP1. El objetivo es comprender los mecanismos bioquímicos y biofísicos que regulan su funcionalidad.
pLBG. Eveling Amelia Díaz Lugo
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Desarrollo de un biosensor fluorescente basado en split-GFP con un injerto de RipA entre β10 y β11 para detectar la actividad proteasa de MarP.
Descripción breve: Esta tesis propone el desarrollo de un biosensor basado en split-GFP mediante la inserción de un octapéptido de RipA (sustrato natural de MarP) entre las láminas β10–β11. El sistema permitirá medir la actividad de la proteasa micobacteriana MarP mediante cambios en la fluorescencia emitida. Se evaluará su sensibilidad, especificidad y desempeño en distintos contextos. El objetivo es desarrollar una herramienta biotecnológica útil para el estudio funcional de esta proteasa de interés biomédico.
pQFB. Michel Alejandra Martínez Marroquín
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Producción de un biocatalizador que exprese una PETasa en superficie bacteriana y análisis de la actividad enzimática en célula completa o en fracciones membranosas.
Descripción breve: Esta tesis se enfoca en la producción de un biocatalizador que exprese una PETasa, enzima que degrada el tereftalato de polietileno (PET), en la superficie bacteriana. Se evaluará la actividad enzimática (esterasa) tanto en células completas como en fracciones de la membrana externa. El objetivo es explorar su potencial para la degradación de microplásticos y sus aplicaciones biotecnológicas.
pQFB. Alejandro Peinado Ornelas
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Producción recombinante y caracterización funcional de una pirofosfatasa amibiana fusionada al dominio Trx-a de EhPDIp38.
Descripción breve: Esta tesis se centra en la caracterización funcional de una pirofosfatasa amibiana (EhIPP), expresada en fase con el dominio Trx-a de la EhPDIp38 como péptido de fusión para mejorar su plegamiento y estabilidad. Se evaluarán las propiedades bioquímicas de EhIPP, incluyendo su actividad y estabilidad, así como su respuesta ante diferentes condiciones fisiológicas experimentales. El objetivo es comprender su función biológica y su potencial de aplicación en el diseño de agentes terapéuticos.
pQFB. Hanssel Ballesteros Colmenares
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Expresión de EhHAPp49 en el periplasma bacteriano, efecto del ambiente redox sobre su actividad pirofosfatasa y plegamiento oxidativo asistido por la oxidorreductasa EhPDIp38.
Descripción breve: Esta tesis aborda la expresión de EhHAPp49, una fosfatasa amibiana atípica con actividad pirofosfatasa, en el periplasma bacteriano. Se evaluará la dependencia de la actividad catalítica y de la estabilidad estructural respecto de las condiciones redox. Asimismo, se analizará la operatividad de la enzima EhPDIp38 como asistente en el plegamiento de EhHAPp49. El objetivo es comprender los mecanismos que regulan su funcionalidad y vislumbrar su potencial como diana terapéutica.
pQFB. Jahzyel Moisés Ramírez Medina
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Caracterización funcional de un homólogo de BiP/Hsp70 de Entamoeba histolytica: actividad ATPasa y su papel como chaperona molecular.
Descripción breve: Esta tesis aborda la caracterización bioquímica de una BiP amibiana, evaluando su actividad de ATPasa y su función como chaperona. Se usará la GFP desnaturalizada en condiciones ácidas como sustrato modelo, lo que permitirá analizar el plegamiento y la recuperación de la fluorescencia. El objetivo es comprender los mecanismos de proteostasis en este organismo de interés biomédico.
pQFB. Ana Sofia Pimentel Rivera
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Desarrollo de un sistema antimicrobiano basado en el reconocimiento célula–célula mediado por un nanobody anti-GFP acoplado al péptido LL-37.
Descripción breve: Esta tesis propone el desarrollo de un sistema AMC basado en el reconocimiento célula–célula mediante un nanobody anti-GFP acoplado al péptido antimicrobiano LL-37. Se evaluará la capacidad del sistema para dirigir y potenciar la actividad bactericida de manera específica. Asimismo, se analizarán los parámetros de eficiencia, selectividad y estabilidad. El objetivo es desarrollar una estrategia innovadora y prueba de concepto con potencial terapéutico.
Alumni
Doctorado
Pablo Alfonso Madero Ayala. Estrategias computacionales y experimentales para el desarrollo de sustratos fluorescentes e inhibidores competitivos de enzimas con interés biomédico: la serina proteasa MarP de Mycobacterium tuberculosis como modelo de estudio. Doctor en Ciencias (UABC-Tijuana). Septiembre de 2025.
Maestría
Guadalupe Alejandra Chávez Melendrez. Análisis Biocomputacional y Mutagénesis Dirigida como Estrategia para Recuperar la Actividad Fitasa/Fosfatasa Ácida de EhHAPp49, una Enzima Amibiana Atípica. Maestra en Ciencias (UABC-Tijuana). Junio de 2025.
Licenciatura
Cristian Osvaldo Armenta Montoya. Producción recombinante de alfa-sinucleína de humano e implementación de un bioensayo para determinar microagregados proteicos. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Marzo de 2025.
Sarahí Jesua Ramos Melchor. Producción recombinante y caracterización funcional de una proteína amebiana parecida a disulfuro oxidorreductasas del tipo P4HB/PDIA1. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Noviembre de 2024.
Ayudantías
Jimena Mata Juárez. Estudio funcional de un biocatalizador de células completas que exhibe actividad endoquitinolítica mediante análisis de la biodegradación de sustratos complejos.Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2025-2.
Alma Figueroa Cervantes. Evaluación de la actividad oxidasa de EhPDIp59, una enzima amibiana parecida a disulfuro oxidorreductasas de tipo PDIA1/P4HB. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2025-2.
Eveling Amelia Díaz Lugo. Evaluación de la actividad proteolítica de la proteasa MarP de Mycobacterium tuberculosis usando una variante de GFP (split GFP) como sustrato fluorescente para emisión Switch-On. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Prácticas Profesionales, 2025-1.
Enoc Guevara Benítez. Caracterización funcional de la actividad oxidasa de enzimas del tipo PDIA1 mediante replegamiento oxidativo de lisozima. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2025-1.
Daniela Nohemí Menchaca Rodríguez. Desarrollo de un sistema bacteriano para la producción recombinante de una PETasa y evaluación de su actividad enzimática sobre sustratos solubles. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2025-1.
Jese Francisco Machuca Guerrero. Mejoramiento de la estabilidad de un biocatalizador de células completas con actividad endoquitinasa mediante ingeniería de enlaces disulfuro. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2024-2.
Itzel Salinas Hernández. Evaluación de la dependencia del estado oxidativo sobre la actividad cisteína proteasa de la enzima amibiana EhCP1. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2024-2.
Sarahí Jesua Ramos Melchor. Producción recombinante y caracterización funcional de una proteína amebiana parecida a disulfuro oxidorreductasas del tipo P4HB/PDIA1. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Prácticas Profesionales, 2024-1.
Eveling Amelia Diaz Lugo. Producción recombinante de un nanobody contra GFP y análisis de expresión mediante inmunorreconocimiento. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Verano de Investigación, 2024-1.
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