Profesores-Investigadores
Dr. Marco Antonio
Ramos Ibarra
Dra. Rosa Elena
Mares Alejandre
Dra. Patricia Lilián Alejandra
Muñoz Muñoz
Dr. Samuel Guillermo
Meléndez López
Profesores Asociados
M.C. Guadalupe Alejandra Chávez Meléndrez
Profesora Asociada
Estrategias computacionales y experimentales para el estudio de fosfatasas de interés biomédico y biotecnológico.
Dr. Pablo Alfonso Madero Ayala
Profesor Asociado
Estrategias computacionales y experimentales para el desarrollo de sustratos fluorescentes e inhibidores competitivos de enzimas de interés biomédico.
Publicaciones
Frayde-Gómez H, Chimal-Vega B, Pulido Capiz A, Muñoz-Ayala A, Galindo-Hernández O, Víque-Sánchez JL, Leija-Montoya AG, Díaz-Molina R, Madero-Ayala PA, Ramos-Ibarra MA, García-González V. The translation factor eIF4E is a key mediator of doxorubicin resistance: Insights from a triple-negative breast cancer model. Scientific Reports 2026; DOI: 10.1038/s41598-025-31313-6. PMID: 41501122.
Madero-Ayala PA, Mares-Alejandre RE, Muñoz-Muñoz PLA, Meléndez-López SG, Ramos-Ibarra MA. Structure-Based Insights into Stefin-Mediated Targeting of Fowlerpain-1: Towards Novel Therapeutics for Naegleria fowleri Infections. Pharmaceuticals 2025; 18(11): 1606. DOI: https://doi.org/10.3390/ph18111606. PIMD: 41304853.
Muñoz-Muñoz PLA, Terán-Ramírez C, Mares-Alejandre RE, Márquez-González AB, Madero-Ayala PA, Meléndez-López SG, Ramos-Ibarra MA. Surface Engineering of Escherichia coli to Display Its Phytase (AppA) and Functional Analysis of Enzyme Activities. Curr Issues Mol Biol. 2024; 46(4): 3424-3437. DOI: 10.3390/cimb46040215. PMID: 38666945.
Madero-Ayala PA, Mares-Alejandre RE, Ramos-Ibarra MA. In Silico Structural Analysis of Serine Carboxypeptidase Nf314, a Potential Drug Target in Naegleria fowleri Infections. Int J Mol Sci. 2022; 23(20): 12203. DOI: 10.3390/ijms232012203. PMID: 36293059.
Madero-Ayala PA, Mares-Alejandre RE, Ramos-Ibarra MA. A Molecular Dynamics Approach on the Y393C Variant of Protein Disulfide Isomerase A1. Chem Biol Drug Des. 2020; 96(6): 1341-1347. DOI: 10.1111/cbdd.13700. PMID: 32352225.
Estudiantes
QFB. Miriam Valenzuela Becerra
Estudiante de Maestría en Ciencias
Tesis: Producción recombinante y caracterización funcional de NfPDIA1L, una proteína de N. fowleri similar a las disulfuro oxidorreductasas del tipo PDIA1.
Descripción breve: Esta tesis se enfoca en la caracterización de la NfPDIA1L recombinante, el análisis de sus propiedades bioquímicas y la evaluación de su papel en el plegamiento oxidativo de proteínas. Asimismo, se propone comprender la función de esta enzima en la biología y la patogenicidad de Naegleria fowleri. El objetivo es aportar conocimiento sobre su relevancia biotecnológica o biomédica.
QFB. Silvia Berenice Santana Anguiano
Estudiante de Maestría en Ciencias
Tesis: Desacoplamiento del compromiso estabilidad actividad en la quitinasa amibiana (EhCHT1c): Rediseño racional de nodos estructurales críticos para lo optimización de biocatalizadores térmicamente robustos
Descripción breve: Esta tesis busca mejorar la termoestabilidad de la quitinasa EhCHT1c sin comprometer su actividad catalítica mediante ingeniería racional de proteínas. Integrará análisis in silico, mutagénesis dirigida, expresión heteróloga y caracterización biofísica y cinética para generar variantes estructuralmente robustas, funcionales y con potencial aplicación como biocatalizadores.
QFB. Carlos Alberto Rodriguez Robles
Estudiante de Maestría en Ciencias
Tesis: Producción heteróloga y replegamiento oxidativo de la neurotoxina Ts1 de Tityus serrulatus mediante co-expresión con disulfuro oxidorreductasas
Descripción breve: Esta tesis propone optimizar la producción recombinante de la neurotoxina Ts1 de T. serrulatus mediante la co-expresión de oxidorreductasas en el citosol de Escherichia coli SHuffle. Se evaluará su efecto sobre el plegamiento oxidativo, solubilidad y rendimiento proteico, estableciendo una plataforma para producir péptidos ricos en enlaces disulfuro de interés biomédico.
pQFB. Sahín Zamira Flores Valdez
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Expresión de EhCP1 en el periplasma bacteriano, efecto del ambiente redox sobre su actividad proteolítica y plegamiento oxidativo asistido por la oxidorreductasa EhPDIp38.
Descripción breve: Esta tesis aborda la expresión de la cisteína proteasa 1 de E. histolytica (EhCP1) en el periplasma bacteriano como estrategia para favorecer su correcto plegamiento oxidativo. Se analizará el efecto del ambiente redox sobre su estabilidad estructural y su actividad catalítica. Además, se evaluará el papel de EhPDIp38 en el plegamiento de EhCP1. El objetivo es comprender los mecanismos bioquímicos y biofísicos que regulan su función.
pQFB. Michel Alejandra Martínez Marroquín
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Producción de un biocatalizador que exprese una PETasa en superficie bacteriana y análisis de la actividad enzimática en células completas o en fracciones membranosas.
Descripción breve: Esta tesis se enfoca en la producción de un biocatalizador que exprese una PETasa, una enzima que degrada el tereftalato de polietileno (PET), en la superficie bacteriana. Se evaluará la actividad enzimática (esterasa) tanto en células completas como en fracciones de la membrana externa. El objetivo es explorar su potencial para la degradación de microplásticos y sus aplicaciones biotecnológicas.
pQFB. Alejandro Peinado Ornelas
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Producción recombinante y caracterización funcional de una pirofosfatasa amibiana fusionada al dominio Trx-a de EhPDIp38.
Descripción breve: Esta tesis se centra en la caracterización funcional de una pirofosfatasa amibiana (EhIPP), expresada en fase con el dominio Trx-a de la EhPDIp38 mediante un péptido de fusión para mejorar su plegamiento y estabilidad. Se evaluarán las propiedades bioquímicas de EhIPP, incluida su actividad y estabilidad, así como su respuesta a diferentes condiciones fisiológicas experimentales. El objetivo es comprender su función biológica y su potencial de aplicación en el diseño de agentes terapéuticos.
pQFB. Hanssel Ballesteros Colmenares
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Expresión de EhHAPp49 en el periplasma bacteriano, efecto del ambiente redox sobre su actividad pirofosfatasa y plegamiento oxidativo asistido por la oxidorreductasa EhPDIp38.
Descripción breve: Esta tesis aborda la expresión de EhHAPp49, una fosfatasa amibiana atípica con actividad pirofosfatasa, en el periplasma bacteriano. Se evaluará la dependencia de la actividad catalítica y de la estabilidad estructural respecto de las condiciones redox. Asimismo, se analizará la operatividad de la enzima EhPDIp38 como coasistente en el plegamiento de EhHAPp49. El objetivo es comprender los mecanismos que regulan su función y vislumbrar su potencial como diana terapéutica.
pQFB. Jahzyel Moisés Ramírez Medina
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Caracterización funcional de un homólogo de BiP/Hsp70 de Entamoeba histolytica: actividad ATPasa y su papel como chaperona molecular.
Descripción breve: Esta tesis aborda la caracterización bioquímica de una BiP amibiana, evaluando su actividad de ATPasa y su función como chaperona. Se utilizará la GFP desnaturalizada en condiciones ácidas como sustrato modelo, lo que permitirá analizar el plegamiento y la recuperación de la fluorescencia. El objetivo es comprender los mecanismos de la proteostasis en este organismo de interés biomédico.
pQFB. Ana Sofia Pimentel Rivera
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Desarrollo de un sistema antimicrobiano basado en el reconocimiento célula–célula mediado por un nanobody anti-GFP acoplado al péptido LL-37.
Descripción breve: Esta tesis propone el desarrollo de un sistema AMC basado en el reconocimiento célula–célula mediante un nanobody anti-GFP acoplado al péptido antimicrobiano LL-37. Se evaluará la capacidad del sistema para dirigir y potenciar de manera específica la actividad bactericida. Asimismo, se analizarán los parámetros de eficiencia, selectividad y estabilidad. El objetivo es desarrollar una estrategia innovadora y una prueba de concepto con potencial terapéutico.
pQFB. Arin Aner Moran Urias
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Reposicionamiento in silico de fármacos contra LmxM.31.0660 de Leishmania mexicana mediante modelado estructural, análisis de accesibilidad farmacológica, tamizado virtual y evaluación dinámica
Descripción breve: Esta tesis propone identificar fármacos con potencial de interacción inhibitoria con la proteína LmxM.31.0660 de Leishmania mexicana mediante un enfoque computacional. Se desarrollará un flujo de trabajo integrado que incluirá desde la caracterización de secuencias hasta la evaluación dinámica. El objetivo es generar una prueba de concepto para el reposicionamiento racional de fármacos y la exploración de blancos terapéuticos contra la leishmaniasis.
pQFB. Diana Berenice Pérez Cano
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Estandarización y validación analítica de una plataforma de qPCR con SYBR Green I para la cuantificación del gen mcr-1 en matrices líquidas
Descripción breve: Esta tesis aborda la estandarización de un ensayo de qPCR con SYBR Green I para cuantificar el gen mcr-1, con énfasis en efluentes de hospitales y de plantas de tratamiento de aguas residuales. Se desarrollará un flujo de trabajo que incluirá la verificación de iniciadores, la optimización de las condiciones de amplificación y la evaluación de la especificidad, la sensibilidad, la eficiencia, el rango dinámico y la inhibición por matriz. El objetivo es desarrollar una herramienta molecular reproducible y aplicable a la vigilancia de genes de resistencia antimicrobiana bajo un enfoque One Health.
pQFB. Bianca Lizette Caldera Gaucín
Estudiante de Licenciatura
Tesis: Genotipificación del polimorfismo rs2289669 en el gen SLC47A1 (MATE1) mediante qPCR-HRM como herramienta molecular para predecir la respuesta terapéutica a la metformina en pacientes con DMT2.
Descripción breve: Esta tesis propone estandarizar un ensayo qPCR-HRM para genotipificar el SNP rs2289669 del gen SLC47A1, con énfasis en su utilidad para predecir la respuesta terapéutica a la metformina. Se desarrollará un flujo de trabajo que incluirá la verificación de primers, la optimización de la amplificación, el análisis de curvas HRM, la discriminación de genotipos y la validación frente a un método de referencia. El objetivo es desarrollar una herramienta molecular para estudios farmacogenómicos orientados a la medicina de precisión en el manejo de la DMT2.
pQFB. Daryan Alexia Isaza Serrano
Estudiante de Licenciatura
Tesis:
Descripción breve:
pQFB. Jennifer López Guzmán
Estudiante de Licenciatura
Tesis:
Descripción breve:
pQFB. Carlos Jahir Contreras Lopez
Estudiante de Licenciatura
Tesis:
Descripción breve:
pQFB. Emely Gallardo Anguiano
Ayudante de Investigación
Tesis: Evaluación de la actividad oxidasa e isomerasa de la proteína EhPDIp59, utilizando RNasa A como sustrato modelo.
Descripción breve: Este proyecto propone estudiar la función de EhPDIp59, una proteína disulfuro isomerasa de Entamoeba histolytica, mediante la evaluación de sus actividades oxidasa e isomerasa utilizando RNasa A como sustrato modelo. Se emplearán la proteína recombinante y ensayos bioquímicos para determinar su capacidad de catalizar la formación y el rearreglo de los enlaces disulfuro durante el plegamiento proteico.
Alumni
Doctorado
Pablo Alfonso Madero Ayala. Estrategias computacionales y experimentales para el desarrollo de sustratos fluorescentes e inhibidores competitivos de enzimas con interés biomédico: la serina proteasa MarP de Mycobacterium tuberculosis como modelo de estudio. Doctor en Ciencias (UABC-Tijuana). Septiembre de 2025.
Maestría
Guadalupe Alejandra Chávez Melendrez. Análisis Biocomputacional y Mutagénesis Dirigida como Estrategia para Recuperar la Actividad Fitasa/Fosfatasa Ácida de EhHAPp49, una Enzima Amibiana Atípica. Maestra en Ciencias (UABC-Tijuana). Junio de 2025.
Licenciatura
Eveling Amelia Díaz Lugo. Desarrollo de un biosensor fluorescente basado en split-GFP con un injerto de RipA entre β10–β11 para detectar la actividad proteasa de MarP. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Septiembre de 2026.
Jhonatan Hazael Osuna Leal. Mejora de la estabilidad térmica de la quitinasa amibiana EhCHT1 mediante ingeniería racional de enlaces disulfuro y despliegue en superficie bacteriana. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Mayo de 2026.
Cristian Osvaldo Armenta Montoya. Producción recombinante de alfa-sinucleína de humano e implementación de un bioensayo para determinar microagregados proteicos. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Marzo de 2025.
Sarahí Jesua Ramos Melchor. Producción recombinante y caracterización funcional de una proteína amebiana parecida a disulfuro oxidorreductasas del tipo P4HB/PDIA1. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Noviembre de 2024.
Ayudantías
Jimena Mata Juárez. Estudio funcional de un biocatalizador de células completas que exhibe actividad endoquitinolítica mediante el análisis de la biodegradación de sustratos complejos.Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2025-2.
Alma Figueroa Cervantes. Evaluación de la actividad oxidasa de EhPDIp59, una enzima amibiana similar a las disulfuro oxidorreductasas de tipo PDIA1/P4HB. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2025-2.
Eveling Amelia Díaz Lugo. Evaluación de la actividad proteolítica de la proteasa MarP de Mycobacterium tuberculosis mediante una variante de GFP (split GFP) como sustrato fluorescente para emisión Switch-On. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Prácticas Profesionales, 2025-1.
Enoc Guevara Benítez. Caracterización funcional de la actividad de la disulfuro-oxidasa de enzimas del tipo PDIA1 mediante el replegamiento oxidativo de lisozima. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2025-1.
Daniela Nohemí Menchaca Rodríguez. Desarrollo de un sistema bacteriano para la producción recombinante de una PETasa y evaluación de su actividad enzimática sobre sustratos solubles. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2025-1.
Jese Francisco Machuca Guerrero. Mejora de la estabilidad de un biocatalizador de células completas con actividad endoquitinasa mediante la ingeniería de enlaces disulfuro. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2024-2.
Itzel Salinas Hernández. Evaluación de la dependencia del estado oxidativo sobre la actividad de la cisteína proteasa de la enzima amibiana EhCP1. Químico Farmacobiólogo (UABC-Tijuana). Ayudante de investigación, 2024-2.
Sarahí Jesua Ramos Melchor. Producción recombinante y caracterización funcional de una proteína amebiana similar a las disulfuro oxidorreductasas del tipo P4HB/PDIA1. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Prácticas Profesionales, 2024-1.
Eveling Amelia Diaz Lugo. Producción recombinante de un nanobody contra GFP y análisis de su expresión mediante inmunorreconocimiento. Licenciatura en Biotecnología Genómica (UAS-Culiacán). Verano de Investigación, 2024-1.