作られ方によっては、大きく自然毒と人工毒の二つに分けられます。

自然毒は植物がもともと保有している毒で、トリカブトのアコニチンなどが有名な植物毒、動物がもともと、もしくは食物連鎖を通じて体内に取り込んだ毒で、フグのテトロドトキシンなどが有名な動物毒、カビなどの微生物が作る化学物質で、ボツリヌス菌や破傷風菌などが有名な微生物毒、鉱物の中に含まれている毒で辰砂などが代表例である鉱物毒に細分されます。

人工毒は主に工場で製品を製造しているときに非意図的に生成されるもので、青酸カリなどが有名な工業毒、医療以外の目的で使用する薬や違法な薬物を指し、覚せい剤や大麻などが有名な乱用薬物、気体もしくは気体中に微粒子が多数浮かんでいる状態の毒で、サリンやVXなどが有名なガス毒、育てている植物を病気や害虫、雑草から守るもので、パラチオンなどが有名な農薬に分類されます。

作用による分け方は神経に障害を起こし殺虫剤などが代表例の神経毒、血液に障害を起こし、コモドオオトカゲのヘモトキシンなどで有名な血液毒、細胞に障害を起こす、放射性物質などがこれにあたる細胞毒に分けられます。