Celda de castigo
Siguiendo por el claustro, dirección sur, (después de la – moderna - escalera de emergencia) un pequeño local, hay dos habitáculos de gruesas paredes comunicados entre sí por un vano rasgado y estrecho. Algunos quieren ver en ellos las cárceles. Es cierto que en los monasterios se utilizaron y, de hecho, en el Capítulo General del Cister de 1206 se permitió a las abadías su construcción. Hubo, alguna vez, rebeliones de monjes o conversos que las hicieron necesarias. No podemos asegurar que estos cuartos cumplieran aquí este fin, de modo que otros piensan que se utilizaron para conversaciones privadas entre monjes y seglares que acudieran de visita.
El tránsito. La puerta siguiente da acceso a otra estancia similar a la anterior, se le llamaba el tránsito porque se utilizaba como lugar de paso a la zona oriental situada detrás del monasterio en la que se encontraban la enfermería, el noviciado, la iglesia de San Adrián y las huertas.
El tránsito comunica a la derecha con una sala grande sin restos de construcciones medievales, a pesar de su aspecto, y grandes arcadas. Esta sala tenía, también, entrada desde el claustro por una puerta actualmente cegada. Es el lugar donde estuvo el “scriptorium” y albergaba también la biblioteca. Era el lugar ordinario de estudio y donde trabajaban los copistas hasta la Edad Moderna, hasta cuando el fabuloso invento de Gutenberg - la imprenta - les alivió del duro trabajo. En tiempos del abad Astete (1609-1623) el scriptorium se reformó y fue convertido en comedor monacal.
En 1809 la biblioteca estaba formada por 1798 libros, cantidad importante para aquellos tiempos. Desgraciadamente, los libros y documentos de Iranzu, que fueron depositados en el convento de los franciscanos de Estella a raíz de la primera exclaustración, ardieron en un incendio que sufrió el convento en el año 1813.