การคัดเลือกโดยชุมชน คือความร่วมมือระหว่างมูลนิธิฯ กับชุมชนโดยรอบโรงเรียน เพื่อคัดเลือกครูผู้นำการเปลี่ยนแปลงที่มีคุณสมบัติเหมาะสมต่อการปฏิบัติงานในพื้นที่นั้นโดยเฉพาะ 

ครูผู้นำฯ มีบทบาทในการปฏิบัติงานสอนนักเรียนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น เเลกเปลี่ยนองค์ความรู้กับครูในโรงเรียน พร้อมทั้งขับเคลื่อนเชิงบวกกับคนในชุมชน เพื่อพัฒนาการศึกษาที่เหมาะสมต่อเยาวชนในพื้นที่เป็นเวลา 2 ปี 

ในรุ่นที่ 8 โครงการดำเนินการร่วมกับโรงเรียนสะเมิงพิทยาคม และโรงเรียนแม่วินสามัคคี ในจังหวัดเชียงใหม่เป็นโครงการนำร่อง และขยายพื้นที่ไปในจังหวัดเชียงราย ลำปาง และน่าน สำหรับโครงการผู้นำการเปลี่ยนแปลง รุ่นที่ 9 และ รุ่นที่ 10 ต่อไป

ในกระบวนการคัดเลือกจะมีขั้นตอนเหมือนกับโครงการผู้นำการเปลี่ยนแปลง ทั้งหมด 2 ขั้นตอน ได้แก่

1. การกรอกใบสมัคร (Application) 

2. กิจกรรมคัดเลือก (Assessment Center) จะมี 2 ทางเลือก ได้แก่