湧蓮寺大門朝向南方,因為中華風水說要“坐北朝南”比較吉利,廟的格局是長方形的,且空間還是沿襲傳統臺灣佛寺的規矩,依據縱身中軸線成左右對稱分布的原則,如山門、水池、前殿、拜殿、正殿、後殿、天王殿、三寶殿、鐘鼓樓、金亭等相當齊全。湧蓮寺最特別的便是在各殿使用各種造型的藻井,屋頂結構上採用大量的歇山頂及重簷形式屋頂,給人崇高華麗之感。
湧蓮寺在廟宇內外裝飾有剪黏泥塑、彩繪、木雕、石雕等,也有非常多細節在裡面,在後殿懋德宮前方,裝置了佔滿壁面以鄭成功史蹟為主的青銅浮雕,這種以大片青銅浮雕裝飾的作法,在臺灣廟宇中也十分少見。一面青銅牆的中間是「荷蘭降鄭圖」,左右邊有延平郡王簡傳、鄭成功坐像,懋德宮沿革志等。
湧蓮寺在廟宇內外裝飾有剪黏泥塑、彩繪、木雕、石雕等,也有非常多細節在裡面,在後殿懋德宮前方,裝置了佔滿壁面以鄭成功史蹟為主的青銅浮雕,這種以大片青銅浮雕裝飾的作法,在臺灣廟宇中也十分少見。一面青銅牆的中間是「荷蘭降鄭圖」,左右邊有延平郡王簡傳、鄭成功坐像,懋德宮沿革志等。