Post date: Mar 7, 2013 10:58:32 AM
Χαιρετισμούς σε όλους,
Σε αυτήν την ανακοίνωση θα ήθελα να σας παρουσιάσω επιγραμματικά τα ενδεικτικά θέματα Εργασιών για το μάθημα της Υπολογιστικής Βιολογίας. Θα ήθελα να σας συστήσω να διατρέξετε την παρακάτω λίστα πιθανών θεμάτων έχοντας υπ' όψιν πως η ανάθεση θα γίνει μέσα στον Απρίλη αφ' ότου έχουν οριστικοποιηθεί οι ομάδες. Όπως θα δείτε παρακάτω η κάθε εργασία με εξαίρεση την τελευταία (#14) συνοδεύεται από ένα link που θα χρησιμοποιήσετε σαν αρχικό υλικό για την περαιτέρω αναζήτηση βιβλιογραφίας. Δεδομένου πως το threads είναι αρκετά πυκνά σε πληροφορία και περιέχουν έναν σεβαστό αριθμό παραπομπών θα σας συνιστούσα να μην αναζητήσετε κάτι περαιτέρω. Συνημμένο στο τέλος της σελίδας θα βρείτε ένα αρχείο pdf με το σύνολο των κυρίων άρθρων του προγράμματος ENCODE που μπορεί να σας χρησιμέυσει σαν υλικό αναφοράς (ακόμα κι αν μεγάλο μέρος της εκεί πληροφορίας δεν είναι θέμα της εργασίας σας).
Ξεκινήστε να εξοικειώνεστε με τη θεματολογία και τα λέμε σύντομα και στο μάθημα.
(Σημ: Ο τελικός αριθμός των εργασιών που θα εκπονηθούν θα εξαρτηθεί από τον συνολικό αριθμό των συμμετεχόντων.)
1. Εξελικτική επιλογή σε λειτουργικές αλληλουχίες του ανθρώπινου γονιδιώματος.
http://www.nature.com/encode/threads/impact-of-evolutionary-selection-on-functional-regions
2. Κατανοώντας την γενετική ποικιλομορφία υπό το πρίσμα της λειτουργικής πληροφορίας.
http://www.nature.com/encode/threads/impact-of-functional-information-on-understanding-variation
3. Τεχνικές μηχανικής μάθησης στη σύγχρονη γονιδιωματική.
http://www.nature.com/encode/threads/machine-learning-approaches-to-genomics
4. Τοπολογία δικτύων γονιδιακής ρύθμισης στο ανθρώπινο γονιδίωμα.
http://www.nature.com/encode/threads/characterization-of-network-topology
5. Ανάλυψη και χαρακτηρισμός περιοχών ενισχυτών στο ανθρώπινο γονιδίωμα.
http://www.nature.com/encode/threads/enhancer-discovery-and-characterization
6. Ανάλυση της μεθυλίωσης του DNA στο ανθρώπινο γονιδίωμα.
http://www.nature.com/encode/threads/dna-methylation
7. Χαρακτηρισμός μη-κωδικών RNA στο ανθρώπινο γονιδίωμα.
http://www.nature.com/encode/threads/non-coding-rna-characterization
8. Επιγενετική ρύθμιση της επεξεργασίας του RNA στο ανθρώπινο γονιδίωμα.
http://www.nature.com/encode/threads/epigenetic-regulation-of-rna-processing
9. Μοτίβα μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων ιστονών στις περιοχές υποκινητών του ανθρώπινου γονιδιώματος.
http://www.nature.com/encode/threads/rna-and-chromatin-modification-patterns-around-promoters
10. Χαρακτηρισμός διαγονιδιακών περιοχών στο ανθρώπινο γονιδίωμα και ανάλυση της γονιδιακής πολυπλοκότητας.
http://www.nature.com/encode/threads/characterization-of-intergenic-regions-and-gene-definition
11. Μοτίβα δομής χρωματίνης σε θέσεις πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων στο ανθρώπινο γονιδίωμα.
http://www.nature.com/encode/threads/chromatin-patterns-at-transcription-factor-binding-sites
12. Μοτίβα πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων.
http://www.nature.com/encode/threads/transcription-factor-motifs
13. Τρισδιάστατη δομή του ανθρώπινου γονιδιώματος.
http://www.nature.com/encode/threads/three-dimensional-connections-across-the-genome
14. Η κριτική του προγράμματος ENCODE
(ελεύθερο θέμα με σημείο εκκίνησης αυτό το πρόσφατο άρθρο: http://gbe.oxfordjournals.org/content/early/2013/02/20/gbe.evt028.full.pdf+html)