Научная деятельность А.А. Лихачева выходила далеко за пределы Института. Много усилий профессор А.А. Лихачев отдавал разработке вопросов повышения качества лекарственной продукции в нашей стране, являясь по совместительству в течение ряда лет профессором Химико-фармацевтического института и руководителем лабораторией по стандартизации и валоризации лекарственных средств. Он организует и возглавляет (1930-1934 годы) токсикологический отдела Всесоюзного института экспериментальной медицины. В качестве заместителя директора по научной части Санитарно-химического института Горздрава А.А. Лихачев принимает участие в изучении проблемы безопасности химического производства в нашей стране. Как выдающемуся фармакологу и токсикологу Советского Союза именно ему в 1933 году поручается Всесоюзной Академией наук составление доклада «Основные проблемы фармакологии во второй пятилетке».
А.А. Лихачев являлся соредактором фармакологического отдела «Большой Медицинской Энциклопедии» с момента ее издания и ему принадлежит ряд крупных статей в этом фундаментальном труде. Он также был редактором перевода классического руководства по экспериментальной фармакологии «Meyer и Gottlieb», многолетним редактором Физиологического журнала. А.А. Лихачев являлся членом организационных комитетов Пироговских съездов, секретарем русского отдела международных медицинских съездов в Риме и Париже, членом-учредителем Физиологического общества, председателем Ленинградского общества физиологов.
С уходом из жизни в 1942 году в блокадном Ленинграде Алексея Алексеевича Лихачева закончился первый, более чем 40-летний период развития кафедры, ознаменовавшийся формированием основных принципов организации учебного процесса, ее научного потенциала и созданием школы заслуженного деятеля науки, профессора А.А. Лихачева, наиболее яркими представителями которой стали такие выдающиеся отечественные фармакологи как академик С.В. Аничков, профессора В.М. Карасик и А.М. Васильев.