Со дня открытия кафедры до 1924 года преподавание фармакологии сочеталось с курсом общей терапии. В основе преподавания лежали лекции с демонстрацией опытов, диаграмм, таблиц, значительная часть которых была изготовлена на основании экспериментальных данных кафедры. Впервые в России (1903 год) профессором А.А. Лихачевым были введены практические занятия по фармакологии, на которых учащиеся решали фармакологические задачи и ставили опыты на животных. Часть каждого занятия отводилась на обучение рецептуре с упражнениями по выписыванию рецептов. Были введены коллоквиумы: весь курс фармакологии был разделен на три части и, после прочтения лекций по каждой из этих частей, учащиеся сдавали зачет, а в конце учебного года проводился экзамен по всему курсу фармакологии.
Начиная с 1926 года и далее, преподавание фармакологии не раз подвергалось большим изменениям. Так, в 1926 году были введены лабораторно-бригадный метод и семинары, однако и в этих условиях кафедра сохранила лекции и практические занятия. В 1936 году преподавание вновь подвернулось реорганизации. Большое внимание было уделено разработке новых опытов для демонстрации их на лекциях. Кроме опытов на животных лекционный материал иллюстрировался рисунками, таблицами. Особенно много было изготовлено учебных пособий за 1936/1937 учебный год. Практические занятия проводились под руководством ассистентов. Студенты небольшими группами (по 4 человека) самостоятельно ставили опыты. С осени 1936 года были введены необязательные самостоятельные занятия, на которых студенты проводили опыты, не входящие в обязательные занятия и знакомились с лекарственными препаратами, их дозировкой и терапевтическим применением. Организаторская и преподавательская деятельность профессора А.А. Лихачева не ограничивалась только сферой фармакологии. Так, им был организован курс физиотерапии, который он читал в Институте с 1900 по 1929 год, а в 1921 году впервые в Советском Союзе А.А. Лихачевым был организован курс воздушной гигиены, который он читал в Ленинградском институте путей сообщения по 1930 год. Большой вклад профессор А.А. Лихачев внес и в организацию учебного процесса в Женском медицинском институте в качестве руководителя учебного дела с 1906 по 1929 год. При его непосредственном участии к 1906 году в Институте был собран высококвалифицированный профессорско-преподавательский состав. В этом же году комиссия в составе профессоров А.А. Лихачева, А.М. Левина и М.А. Шателина внесла ряд основополагающих предложений по предметной системе обучения, которые были в последующем успешно реализованы при непосредственном участии А.А. Лихачева. Сложность организационного периода по созданию научной базы кафедры фармакологии обусловила во многом то обстоятельство, что уже, будучи руководителем кафедры, он продолжал исследования в лаборатории общей патологии Военно-медицинской академии, результатом которых была в частности такая работа как «Исследование газового и теплового обмена при лихорадке», опубликованная в Известиях Военно-медицинской академии в 1902 году, которая, по мнению ряда зарубежных авторов (монография E.F. Du Bois “Metabolism from the point of view of the practitioner”, русский перевод 1927 года), ставит имя профессора Лихачева рядом с именем основоположника учения о лихорадке Лихамейстера. Аналогичный резонанс получили и некоторые другие исследования А.А. Лихачева, в частности работа «О влиянии алкоголя на тепловой и газовый обмен у человека» (1906 год). Вместе с тем, при первой возможности А.А. Лихачев приступил к созданию на кафедре фармакологии аппаратуры для изучения газообмена, в результате чего, при участии его ассистента К.Я. Годзиковского был сконструирован прибор, использовавшийся в дальнейших исследованиях кафедры по изучению газообмена при отравлениях (описание последнего впервые было сделано в обществе русских врачей – Труды общества 1908-1909 гг.).