การรวมอาณาจักรสุโขทัยเข้ากับอยุธยา
เมื่อสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถขึ้นเสวยราชย์ใน พ.ศ. ๑๙๙๑ นั้น ทางสุโขทัยไม่มีพระมหาธรรมราชาปกครองแล้ว คงมีแต่พระยายุทธิษเฐียร พระโอรสของพระมหาธรรมราชาที่ ๔ ได้รับแต่งตั้งจากอยุธยาให้ไปปกครองเมืองพิษณุโลก ถึง พ.ศ. ๑๙๙๔ พระยายุทธิษเฐียรไปเข้ากับพระเจ้าติโลกราชแห่งล้านนา พระราชมารดาของสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถได้ปกครองเมืองพิษณุโลกต่อมาจนสิ้นพระชนม์เมื่อ พ.ศ.๒๐๐๖ สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถได้เสด็จไปประทับที่พิษณุโลกและถือว่าอาณาจักรสุโขทัยถูกรวมเข้ากับอาณาจักรอยุธยานับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา
ด้านการปฏิรูปการปกครอง
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถมีพระประสงค์ที่จะดึงอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลางหรือราชธานี จึงลดบทบาทของเจ้านายลงและเพิ่มอำนาจให้ขุนนาง เพื่อ ป้องกันการแย่งชิงอำนาจจากเชื้อพระวงศ์ เช่น ลดฐานะเมืองลูกหลวง เมืองหลานหลวงลงเป็นเมืองชั้นจัตวาและส่งขุนนางไปปกครองแทนเจ้านาย มีการแยกฝ่ายทหารและพลเรือนโดยใช้ขุนนางตำแหน่งสมุหพระกลาโหมดูแลกิจการฝ่าย ทหาร สมุหนายกดูแลกิจการฝ่ายพลเรือนทั่วราชอาณาจักร ทรงตรากฎมนเทียรบาลขึ้นเพื่อความมั่งคงของสถาบันกษัตริย์ นอกจากนี้ยังทรงตราพระราชกำหนดศักดินา ได้แก่ พระอัยการตำแหน่งนาพลเรือนและพระอัยการตำแหน่งนาทหารหัวเมือง พ.ศ. ๑๙๙๘ เพื่อประโยชน์ในการลำดับชั้นของบุคคลว่ามีศักดิ์ สิทธิ์ และอำนาจหน้าที่ต่างกันอย่างไร เป็น การจัดระเบียบการปกครองให้มีแบบแผนรัดกุมกว่าเดิมในรัชสมัยสมเด็จพระบรม ไตรโลกนาถ อยุธยาทำสงครามยืดเยื้อกับอาณาจักรล้านนา ซึ่งมีพระเจ้าติโลกราชเป็นกษัตริย์ (ครองราชย์ พ.ศ. ๑๙๘๔ – ๒๐๓๐) ทำให้สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถประทับที่เมืองพิษณุโลกนานถึง ๒๕ ปี เพื่อดูแลหัวเมืองฝ่ายเหนือและเพื่อความสะดวกในการป้องกันการรุกรานของล้านนา ในระยะนี้จึงถือว่าเมืองพิษณุโลกมีฐานะเป็นราชธานีของอาณาจักรอยุธยา