강의계획서 (SYLLABUS)
교과목 개요 (Course Description)
본 과목에서는 유전체학에 대한 기초를 이해하고 관련된 다양한 데이터베이스에 대해서 배우며 다양한 시퀀싱데이터를 분석할 수 있는 역량을 기르는 것을 목표로 한다. 이를 위해 리눅스 운영체제를 다룰 수 있는 기초를 학습하고 여러 생물정보학 툴을 이용해서 데이터분석에 대해 실습한다. 학생들은 한 학기 동안 하나의 인간 유전자를 정하여 문헌상의 보고, 유전체 상의 위치, 같은 종 안에서와 다른 종에서의 homologous 유전자, 유전자 발현 등 여러 측면에서 분석해보고 고찰해본다.
1주차
강의에 대한 기본적인 소개 및 유전체학을 위한 분자생물학
강의 및 토론
2주차
유전체학 소개 및 리눅스 운영체제 실습
강의, 토론, 및 실습
3주차
Sanger sequencing, NGS, 인간게놈프로젝트에 대한 이해
강의, 토론, 및 실습
4주차
시퀀싱 데이터베이스 Genebank, UCSC Genome browser등에 대한 학습 및 실습
강의, 토론, 및 실습
5주차
게놈조립의 개념 학습 (De Bruijn graph) 및 게놈조립 실습 (CAP3)
강의, 토론, 및 실습
6주차
조립된 게놈의 스캐폴딩 및 Tablet 실습
강의, 토론, 및 실습
7주차
게놈서열 정렬 및 결실/삽입 유전자 탐색 (Nucmer 실습)
강의, 토론, 및 실습
8주차
중간고사
시험
9주차
유전자예측 (GeneMark 실습)
강의, 토론, 및 실습
10주차
예측된 단백질 서열정렬을 통한 표준서열과의 비교 (BLASTP 실습)
강의, 토론, 및 실습
11주차
예측된 유전자의 단백질 도메인 분석 (PSI-BLAST 실습)
강의, 토론, 및 실습
12주차
단백질 서열의 기능적 군집화 (COG DB annotation)
강의, 토론, 및 실습
13주차
오페론 구조 예측
강의, 토론, 및 실습
14주차
NGS 데이터에 대한 이해
강의 및 토론
15주차
기말고사
시험