강의계획서 (SYLLABUS)
강의계획서 (SYLLABUS)
교과목 개요 (Course Description)
본 과목에서는 단일세포 전사체 데이터를 분석하는 방법을 학습한다.단일세포 전사체를 중심으로 관련된 오믹스데이터와 공간전사체 데이터를 분석하고 해석할 수 있는 능력을 기른다. 팀을 이루어서 공개되어 있는 단일세포 전사체 데이터를 분석하는 과정을 한 학기 프로젝트로 진행한다.
1주차
Introduction to single cell analysis
단일세포 전사체 데이터분석에 대한 개요
강의 및 토론
2주차
Single cell technology
단일세포 전사체 기술에 대한 개요
강의 및 토론
3주차
Preliminary Project presentation
팀별로 분석할 단일세포 전사체 데이터에 대한 발표 (생물학적인 의미)
발표
4주차
Quality control and normalization
단일세포 전사체 데이터 품질관리와 정규화
강의 및 실습
5주차
Data correction and Integration
이질적인 단일세포 전사체 데이터 교정과 통합
강의 및 실습
6주차
Dimension reduction and visualization
차원축소와 시각화 (PCA, tSNE, UMAP)
강의 및 실습
7주차
Clustering and cell type annotation
클러스터링과 세포유형 확립
강의 및 실습
8주차
Trajectory inference I
다양한 세포궤적 분석방법 (Monocle, Slingshot, PAGA)
강의 및 실습
9주차
Trajectory inference II: RNA velocity
RNA velocity의 개념과 분석 및 활용방법
강의 및 실습
10주차
Gene regulatory network inference
다양한 유전자조절네트워크 추론방법
강의 및 실습
11주차
PIC-seq data analysis and cell-cell interaction
두세포 시퀀싱 데이터와 세포간 상호작용에 대한 분석방법
강의 및 실습
12주차
Spatial transcriptomics
공간전사체 (Slide-seq, seqFISH) 데이터에 대한 이해
강의 및 실습
13주차
Multimodal analysis
scATAC-seq, CITE-seq 등 단일세포 후성유전체, 단백질체에 대한 분석방법
강의 및 실습
14주차
Final project presentation I
최종 프로젝트 발표 I
발표
15주차
Final project presentation II
최종 프로젝트 발표 II
발표