En Uruguay se conocen 23 especies de murciélagos, agrupadas en tres familias y 13 géneros. De estas especies, casi la mitad (11) están distribuídas en todo el país, ocho están presentes en algunas zonas del país (ver mapa abajo) y las cuatro restantes (E. perotis, P. centralis, N. laticaudatus y M. pampa) sólo cuentan actualmente con registros puntuales.
Familia Phyllostomidae
Desmodus rotundus (É. Geoffroy, 1810) Presente en todo el país
Platyrrhinus lineatus (É. Geoffroy, 1810) Restringida al norte del país (ver mapa más abajo)
Sturnira lilium (É. Geoffroy, 1810) Restringida al norte del país (ver mapa más abajo)
Familia Molossidae
Eumops bonariensis (Peters, 1874) Presente en todo el país
Eumops patagonicus Thomas, 1924 Restringida al norte del país (ver mapa más abajo)
Eumops perotis (Schinz, 1821). Registrada únicamente por acústica en el departamento de Tacuarembó (González et al. 2024)
Molossops temminckii (Burmeister, 1854) Restringida al noroeste del país (ver mapa más abajo)
Molossus molossus (Pallas, 1766) Presente en todo el país
Molossus rufus É. Geoffroy, 1805 Restringida al norte del país (ver mapa más abajo)
Nyctinomops laticaudatus (É. Geoffroy, 1805) Registros puntuales
Promops centralis Thomas, 1915 Registros puntuales
Tadarida brasiliensis (I. Geoffroy, 1824) Presente en todo el país
Familia Vespertilionidae
Myotis albescens (É. Geoffroy, 1806) Presente en todo el país
Myotis levis (I. Geoffroy, 1824) Presente en todo el país
Myotis nigricans (Schinz, 1821) Registros puntuales
Myotis pampa Novaes, Wilson & Moratelli, 2021 Restringida a la región centro-norte del país (ver mapa más abajo). Previamente identificada en Uruguay como Myotis riparius
Neoptesicus diminutus Osgood, 1915 Restringida al noroeste del país (ver mapa más abajo)
Neoptesicus furinalis (d'Orbigny, 1847) Presente en todo el país
Histiotus montanus (Philippi & Landbeck, 1861) Presente en todo el país
Histiotus velatus (I. Geoffroy, 1824) Restringida a la región centro-este del país (ver mapa más abajo)
Lasiurus (Lasiurus) blossevillii (Lesson & Garnot, 1826) Presente en todo el país
Lasiurus (Aorestes) villosissimus (É. Geoffroy, 1806) Presente en todo el país
Lasiurus (Dasypterus) ega (Gervais, 1856) Presente en todo el país