Grupo de Trabajo "Arboles, espacios hiperbolicos y filogenetica" 2022

Descripcion:

En este grupo de trabajo estudiaremos la geometria de espacios metricos "similares a arboles", basado en la teoria de Gromov de los espacios hiperbolicos.

Desde esta teoria, pasamos a ver problemas de inmerger deformando poco las distancias, espacios metricos hiperbolicos (en particular, embedding de arboles metricos). Lo que tiene varias aplicaciones para (entre otros) el estudio de redes sociales, y de relaciones de parentela entre especies basado en comparacion de su DNA (=filogenetica).

Nos enfocaremos en el estudio matematico y algoritmico de la filogenetica, y aprenderemos cuales son los metodos, y los desafios, para la clasificacion del material genetico. Trabajaremos para clarificar los enlaces entre filogenetica y geometria metrica.

Organizadores:

Mircea Petrache mpetrache@mat.uc.cl

Rodolfo Viera (email similar, con "rodolfo.viera")

Referencias:

1) Libro: Coornaert - Delzant - Pappadopoulos "Geometrie et theorie des groupes: les groupes hyperboliques de Gromov" [cap. 1-2,3-4,8-9]

2) Articulo: Verbeek - Suri "Metric embedding, hyperbolic space, and social networks" (Comput. Geom. 59 (2016) pp 1-12)

3) Articulo: Sarkar "Low distortion Delaunay embedding of trees in hyperbolic plane" (Int. Symp. of Graph Drawing, 2011)

4) Libro: Warnow - "Computational Phylogenetics" [cap. 1, 4, 5, 7]

( contactar organizadores para pedir PDF de las referencias, y para prenotarse para exponer algun tema en particular )

Plan de trabajo:

  • Charla 1: cap 1-2 del libro 1 -- 17 marzo 2022

  • Charla 2: cap 3-4 del libro 1 -- Bernardo Mundaca, 23 marzo 2022

  • Charla 3: cap 8-9 del libro 1 -- Felipe Caster, 30 marzo 2022

  • Charla 4: articulo 2 -- Rodolfo Viera, 20 abril 2022

  • Charla 5: articulo 1 y motivaciones computacionales -- Mauricio Soto, martes 26 abril 2022 (POR ZOOM, a las 14:00)

  • Charla 6: cap 1 del libro 2 -- Matias Gomez, 03 mayo 2022, sala 2 piso edificio Villanueva

  • Charla 7: cap 4 del libro 2 -- Tamara Zamorano, 18 mayo 2022, sala 1 piso edificio Villanueva

  • Charla 8: cap 5 del libro 2 --

  • Charla 9: cap 7 del libro 2 --