西田洋巳（2025）蔵付きバクテリア：見過ごされてきた日本酒造りにおける脇役．JSM Mycotoxins，75，23-28
西田洋巳（2024）日本酒の味と香りへの蔵付きバクテリアの影響．日本醸造協会誌，119，64-72
西田洋巳（2023）水素処理の蔵付き細菌と日本酒造り．アグリバイオ，7，39-41
西田洋巳，廣島達彦，吉田憲司（2022）異なる酒蔵の蔵付きバクテリアを添加した日本酒造り．生物工学会誌，100，390-391
西田洋巳（2021）日本酒造りにおいて見過ごされてきたバクテリアの存在と機能．富山県立大学紀要，31，57-63
西田洋巳（2020）バクテリア細胞への物質導入システムの確立 微生物研究における細胞工学とゲノム工学の融合へ向けて．化学と生物，58，652-658 [表紙に採択]
西田洋巳（2020）生物進化と細胞外DNA 微生物創生への挑戦．丸善プラネット，東京
西田洋巳（2019）日本酒造りの過程で混入、増殖するバクテリアの利活用．北陸経済研究，7月号，34-35
西田洋巳（2019）バクテリアの細胞表層構造と細胞の巨大化．富山県立大学紀要，29，77-83
西田洋巳（2018）細菌の表層とスフェロプラストの巨大化．富山県立大学ニュース，121号，p.6
寺嵜桃香，高橋裕里香，西田洋巳（2017）日本酒に含まれるバクテリアDNA．富山県立大学紀要，27，44-47
畠俊郎，高橋裕里香，西田洋巳，安田尚登（2017）日本近海のメタンハイドレート胚胎層から単離した微生物を用いた土の強度増進効果に関する実験的検討．地盤工学ジャーナル，12，151-160
西田洋巳（2015）遺伝情報の分配と細胞の分裂．富山県立大学紀要，25，7-13
上田賢志，和辻智郎，高野（白鳥）初美，高野英晃，西田洋巳，別府輝彦（2011）シンビオバクテリウムにみる微生物共生の深淵．生物工学会誌，89，469-472
西田洋巳（2011）菌類の遺伝子プロモータ領域におけるクロマチン構造の比較に基づく系統分類学研究．IFO Research Communications, 25, 41-53
西田洋巳（2010）ヌクレオソームDNAの長さと遺伝子発現 : 糸状菌Aspergillus fumigatusのヌクレオソームマップ．化学と生物，48，379-380
西田洋巳，別府輝彦，上田賢志（2009）環境が微生物ゲノムの進化に与える影響 : Symbiobacteriumに対するアグリバイオインフォマティクス解析．化学と生物，47，748-749
西田洋巳（2009）アグリバイオインフォマティクスの新展開．東京大学大学院農学生命科学研究科広報誌 弥生，49，2-3
西田洋巳（2008）海洋に分布する微生物の多様性に関する研究．財団法人ソルト・サイエンス研究財団助成研究報告集 2006年度，285-291
清水 謙多郎，岸野 洋久，寺田 透，中井 雄治，西田 洋巳（2007）アグリバイオインフォマティクス人材養成プログラム．化学と生物，45，360-363
野尻秀昭，宮腰昌利，新谷政己，西田洋巳（2007）プラスミドは環境中でどのように振る舞うのか : 接合伝達がひき起こすプラスミド機能発現の多様性解明に向けて．化学と生物，45，635-643
西田洋巳，杉山純多（2005）化学分類学的形質からみた多様性と系統．杉山純多 (編) 菌類・細菌・ウイルスの多様性と系統，111-120，裳華房，東京
西田洋巳（2005）遺伝情報からみた多様性と系統進化．杉山純多 (編) 菌類・細菌・ウイルスの多様性と系統，121-133，裳華房，東京
西田洋巳（2005）古生子嚢菌綱．杉山純多 (編) 菌類・細菌・ウイルスの多様性と系統，219-221，裳華房，東京
西田洋巳（2004）タイリングアレイ．蛋白質核酸酵素 ゲノムネットワーク，49，2684-2687
西田洋巳（2004）リジン生合成に関わるアミノアジピン酸還元酵素遺伝子lys2の構造比較解析．Phi Circles, 4, 6
西田洋巳（2003）進化．鈴木昭憲, 荒井綜一 (編) 農芸化学の事典，490-494，朝倉書店，東京
西田洋巳（2002）微生物の系統進化と多様性の研究．Bio WAVE, 23, 15
西田洋巳（2000）古生子嚢菌類．日本の微生物分類 この20年，125-126，日本微生物分類研究会，東京
西田洋巳（2000）サビ菌類・菌じん類．日本の微生物分類 この20年，129-130，日本微生物分類研究会，東京
西田洋巳（2000）菌類のDNAと系統進化．国立科学博物館ニュース，375，8-9
西田 洋巳（2000）菌類に分布するグループIイントロンの多様性に関する研究．日産科学振興財団研究報告書，23，169-171
西田洋巳（2000）微生物の進化に興味がある者として．SHINKA, 10, 40-41
西田洋巳（2000）アミノ酸生合成と進化．分生研ニュース，11，15
西田洋巳, 杉山純多（1999）菌類の系統分類．長谷川篤彦 (編) 獣医診療ハンドブック，466-470，インターズー，東京
西田洋巳（1999）遺伝子の水平移動と進化．SHINKA, 9, 76
杉山純多, 西田洋巳（1998）時空における菌類の多様化と系統．プランタ 植物と菌類の多様性はどこまでわかっているか，9-18
西田洋巳, 杉山純多（1998）菌類の系統分類．AD&S, 4, 8-12
西田洋巳（1997）創刊40周年記念 学生論文入選作 大学院重点化とポスドク．蛋白質核酸酵素，42，1339-1341
西田洋巳（1997）私見：生物進化の中で遺伝子水平移動を考える．SHINKA, 7, 60-62
杉山純多, 西田洋巳（1995）高等菌類の系統進化：形態と分子から探る．遺伝生態の諸問題，87-103，東北大学遺伝生態研究センター，仙台
西田洋巳, 杉山純多（1994）高等菌類の系統と分子進化．日本農芸化学会誌，68，54-57
杉山純多, 西田洋巳（1993）高等菌類の系統進化．Plant Science Tomorrow, 8, 8-9