באור עקיבא ישנן מספר כיתות חינוך מיוחד לתלמידים עם נכויות פיזיות, המשולבות בבתי ספר רגילים (יסודי וחטיבת ביניים). התלמידים משתלבים בכיתות הרגילות, המקבילות לשכבת הגיל שלהם ולוקחים חלק פעיל בכל הפעילויות השונות בבית הספר
.התלמידים מקבלים טיפולים פרא רפואיים, כגון: פיזיותראפיה, רפוי בעיסוק, קלינאית תקשורת וטיפול רגשי במסגרת מהלך יום הלימודים
כל התלמידים עוברים תהליך הערכה לבחינת הצורך בטכנולוגיה מסייעת לכתיבה או לתקשורת. תלמידים שנמצאו כי זקוקים להנגשת טכנולוגיה, מקבלים ליווי פרטני צמוד בהטמעת הטכנולוגיה. כיתות הלימוד מותאמות ומונגשות לצרכיהם: כיתה אקוסטית, ריהוט ייחודי, מכשור טכנולוגי מתקדם וחדר טיפולים עשיר
צוותי המורים בכיתות, זוכה להדרכה וליווי מקצועי מצוות מטפלי מקצועות הבריאות, השירות הפסיכולוגי, יועצת בית הספר ומדריכת המתי"א
(יום הלימודים הינו יום לימודים ארוך ובנוסף ישנה תוכנית לימודים בחופשות (קייטנות
הערך העליון לאורו הצוות עובד הוא ניהול עצמי ומכוונות עצמית לנוכח צרכי התלמידים, תוך שאיפה לעצמאות מירבית בכל התחומים. התוכניות האישיות של התלמידים, נבנות תוך מכוונות למטרות אלו, בשיתוף התלמיד והוריו