z-matrixの組み方

C1,C2,…,H7,H8,…,H12の数字は通し番号。

こういう元素記号があるわけではない。

2列目以降の通し番号(■■■)には元素記号は書かず、数字だけを書くのが普通。

この通し番号を元にz-matrixを組み立てるとよいかと。

組み立てるコツとしては、有機化合物の命名法のようにできるだけ長い鎖を作った後、

側鎖を生やしていくのがいいと思う。小さくない分子ではやってられないけどね。

分子の図にはAccelrysのviewerを使いました。