קיים קושי להצביע על נקודת זמן ספציפית כהתחלה של מיקולוגיה רפואית בישראל, מאחר והיא התפתחה כענף צדדי במחלקה הדרמטולוגית בבית החולים הדסה בירושלים.
אפשר לייחס את ההתחלה בעיקר לפעילותו המסורה של ד"ר פ. ראוביצ'ק, רופא עור שהצטרף לצוות המחלקה הדרמטולוגית ב- 1942.
תחילה היו רק משטחי KOH מדגימות עור של חולים, ובהמשך התווספו גם תרביות.
בשנת 1952 לאחר שובו של ד"ר ראוביצ'ק משהות של שנתיים של השתלמות ומחקר בארצות הברית , הוא ייסד מדור של מיקולוגיה רפואית בו בוצעו אבחנות ומחקר.
בשנים הבאות מיקולוגיה רפואית התפשטה גם לבתי חולים ומעבדות נוספים, בעיקר בעקבות הרצאות וקורסים אשר העביר ד"ר ראוביצ'ק. הדור הראשון של מיקולוגים בישראל היו כולם תלמידיו.
ניתן לציין שהחל משנות 1970 הוכרה מיקולוגיה רפואית כדיסציפלינה בזכות עצמה בישראל.
בנוסף לשרות האבחנתי במעבדות הקליניות הקשורות לדרמטולוגיה, נעשו התחלות של שרות אבחנתי לפטרות עמוקות ומיקולוגיה רפואית שובצה בתוכניות ההוראה באוניברסיטאות. הדמויות הבולטות של תקופה זו, אשר היו מרכזיים בהתפתחויות אלה היו ד"ר בימר, פתלוג מדרום אפריקה בעל נסיון נרחב בפתולוגיה של פטרות ועמיתו פרופ' קוטין, וטרינר בעל עניין במיקולוגיה רפואית.
ד"ר בימר היה בין המורים הראשונים של מיקולוגיה רפואית וכמה מבין המיקולוגים הפעילים כיום היו תלמידיו. תכונה בולטת של ד"ר בימר הייתה צניעותו- מה שהיה בניגוד למסת הידע הנרחבת עליה שלט, אשר הוכרה על ידי עמיתיו המקצועיים והתבטאה בציון פטרייה על שמו: Trichosporon beemeri .
פרופ' קוטין שהועסק על ידי המכון למחקר ביולוגי בנס – ציונה, היה היוזם ובין המייסדים של האגודה הישראלית למיקולוגיה רפואית (אימ"ר) ב- 1971.ב-1976 הוא ארגן סימפוזיון "אוהלו" בנושא מיקולוגיה רפואית , בו השתתפו מיקולוגים ידועים בעלי שם בינלאומי. כשיא בפעילותו של פרופ' קוטין ניתן לראות את ארגון הכנס השביעי של ISHAM ב- 1979, אשר הוכר כהצלחה גדולה בקהילה המיקולוגית.
כיום מיקולוגיה רפואית בישראל כוללת מספר תחומי פעילות:
שרותי אבחון: שרותים אבחנתיים לאבחון של פטרות שטחיות ועמוקות ניתנים על ידי מעבדות יעודיות של מיקולוגיה רפואית ברוב המרכזים הרפואיים הגדולים, מרפאות החוץ והמכון הווטרינרי ע"ש קמרון. מתוך כך בודדו וזוהו מספר פטריות נדירות.
הוראה: מיקולוגיה רפואית נלמדת בכל ארבעת בתי הספר לרפואה ובית הספר לרפואה ווטרינרית כדיסציפלינה נפרדת או כחלק של הוראת המיקרוביולוגיה. בנוסף, היא גם נלמדת על ידי תלמידי מדעים, כאשר תלמידי התארים המתקדמים מבצעים עבודות מחקר בנושאים של מיקולוגיה רפואית בהנחיית אנשי הסגל של האוניברסיטאות.
מחקר: מחקר בסיסי ויישומי בנושאים שונים של מיקולוגיה רפואית מבוצעים. המחקרים כוללים היבטים שונים של candidiasis, cryptococcosis, dermatophytosis, ,aspergillosis בהתמקדות על יחסי פתוגן-מאכסן, פתוגנזה ותרופות אנטי-פטריתיות.
ארגון מקצועי: המיקולוגים הרפואיים בישראל הם חברי האגודה הישראלית למיקולוגיה רפואית (אימ"ר), מידע נוסף לגבי אימ"ר ניתן למצא כאן.