האגודה הישראלית למיקולוגיה רפואית (אימ"ר –ISMM ) הוקמה בתחילת שנות ה-70 בשם החוג הישראלי למיקולוגיה רפואית על ידי פרופסור בימר ופרופסור קוטין מהמכון הביולוגי בנס ציונה. חברי האגודה הישראלית למיקולוגיה הם מדענים וסטודנטים לתארים מתקדמים ממוסדות ההשכלה בארץ, מיקולוגים במוסדות הרפואה והתחום הוטרינרי העוסקים בשרות דיאגנוסטי ורופאים בתחומי רפואה שונים.
לאגודה ועד של ארבעה חברים: נשיא, סגן נשיא, מזכיר וגזבר.
מטרתה העיקרית של האגודה הישראלית למיקולוגיה היא טיפוח של תחום המיקולוגיה הרפואית בישראל וייצוגו במישור הארצי והבינלאומי.
ה- אימ"ר מסונפת לאגודה הישראלית למיקרוביולוגיה (ISM) שהיא עמותה ללא כוונות רווח הרשומה כחוק בפנקס העמותות בישראל. במישור הבינלאומי, האימ"ר החברה בארגון הגג של האגודות המיקולוגיות האירופאיות - European Confederation of Medical Mycology (ECMM) ומתוקף זאת כל חברי האגודה הישראלית הם גם חברי הארגון האירופאי. בנוסף משתייכים חלק מחברי האימ"ר לארגון העולמי של מיקולוגיה רפואית .International Society of Medical and Veterinary Mycology (ISHAM)
כמוכן מסונפת ה-אימ"ר ל- European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases ESCMID.
האגודה הישראלית למיקולוגיה רפואית ארגנה שלושה כנסים בינלאומיים בתחום המיקולוגיה: כנס ISHAM בשנת 1979 שנערך בתל-אביב, הכנס הבינלאומי הראשון על קריפטוקוקוזיס ב-1989 בירושלים וכנס ECMM בשנת 2001 שתוכנן להתקיים בתל-אביב אך עקב המצב הפוליטי באותה תקופה הועבר לרודוס.
בנוסף התקיימו מושבים בנושאי מיקולוגיה רפואית, שאורגנו ע"י אנשי האגודה, בשני כנסים בינלאומיים בירושלים: IUMS ו-IMC, ב-1996 ו-1998, בהתאמה.
האגודה עורכת שני מפגשים שנתיים: אחד במסגרת הכנס השנתי של ISM באביב ומפגש עצמאי בסתיו. במפגשים מוצגות עבודות מחקר של חברי האגודה ומרצים מוזמנים וסקירות עדכון בנושאים בעלי עניין בתחום המיקולוגיה הרפואית. את נושאי המפגשים (החל מנובמבר 2011 ניתן לראות כאן).