Визуелизација резултата прорачуна

Приказивање резултата прорачуна у програмима за визуелизацију

1.    Покрените програм Gabedit

2.    Изаберите опцију Draw geometry

3.    Кликните десним тастером миша на новоотворену радну површину и изаберите да отворите последњу геометрију из излазног фајла командама: Read/Orca/Last geometry from a Orca output file.

4.    Пронађите жељени излазни фајл и отворите га кликом на назив фајла и команду Open.

5.    На новоотворену радну површину са приказаном тродимензионалном структуром молекула кликните десним тастером миша и изаберите Save as/XYZ file.

6.    Изаберите локацију и име фајла са оптимизованом геометријом (у овом примеру Prvi.xyz) и притисните  Save.

7.    На овај начин сте сачували молекул оптимизован у програму Orcaу виду.xyz фајла.

За визуелизацију резултата прорачуна најчешће се користе опције Draw Geometry и Display Geometry/ Orbitals/ Density/ Vibration.

    По покретању опције Draw Geometry потребно је кликнути десним тастером миша и изабрати Read/Orca/Last Geometry from an Orca output file. Отвориће се поље у коме можемо изабрати неки од излазних фајлова које смо направили.  Мерење геометријских параметара у оптимизованој геометрији могуће је помоћу опције Measure.

Ако након активирања наведене опције кликнемо на било која два атома у молекулу појавиће се додатни прозор са очитаним растојањем између одабраних атома израженим у ангстремима. На сличан начин могу се очитати вредности валенционих и торзионих углова у молекулу.

Опција Display Geometry/Orbitals/Density/Vibration корисна је за приказивање израчунатих молекулских орбитала. По покретању наведене опције потребно је кликнути десним тастером миша на радну површину и изабрати Cube&Grid / Load Gaussian cube / Orbitals file и изабрати одговарајући излазни фајл (нпр. CO-4.cube из вежбе број 8) и притиснути OK након чега ће се приказати израчунате орбитале.

Инфрацрвене спектре је могуће приказати из менија Tools избором опција IR spectrum/ Read frequencies and intensities from an Orca output file. Отвориће се прозор у ком можемо одабрати излазни фајл након чега ће се приказати израчунати спектар.