九州大学大学院農学研究院での集中講義「ビッグデータ時代の自然史・進化研究と、保全生物学への応用」（動物・海洋生物科学特論第二; 2025年1月15-17日）のページです。
講義資料のパワーポイントは、九州大学Moodleにアップロードしています（受講者のみ）
1日目：ゲノム解読の歴史と現在、次世代シーケンサー、分子系統樹の基礎
実習1: ゲノム解析のためのPC環境構築（ソフトのインストール）
実習2: 分子系統解析（MEGA11を使った実習） こちらから、"NCBIdatabase_MEGA11実習_2024ver.pdf"をダウンロードして下さい。
紹介した論文
Paparrizos et al. (2016) J. Oncol. Prac.
Inoue et al. (2010) Biol. Lett.
参考URL
NCBI Genome Database
www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/
NCBI Nucleotide Database
www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/
次世代シーケンサーの原理
https://www.youtube.com/watch?v=womKfikWlxM
https://www.youtube.com/watch?v=NHCJ8PtYCFc
https://www.youtube.com/watch?v=RcP85JHLmnI
参考文献
坊農秀雅. Dr. Bonoのゲノム解読：NGSによるシークエンシングとデータ解析の今, メディカルサイエンスインターナショナル, 2024. [出版社のページ]
Graur D, Li, W-H. 2000. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer. [Amazon]
2日目：ヒト研究から学ぶゲノミクス研究、トランスクリプトーム解析
実習3: WindowsにLinux環境（Ubuntu）を構築する
紹介した論文
（ヒト遺伝・進化研究）
Wellcome Trust Case-Control Consortium (2007) Nature
Okayama et al. (2018) Translational Psychiatry
Sankararaman et al. (2014) Nature
Zeberg and Pääbo (2020) Nature
（遺伝子発現解析）
Chen et al. (2017) Aqua. Toxicol.
Chen et al. (2022) Curr. Biol.
参考URL
クサフグの集団産卵
https://www.youtube.com/watch?v=kUiHLbofXqA&t=33s
Grunionの集団産卵
3日目：大規模データ時代の自然史研究：集団ゲノミクスと環境DNA
実習5: 環境DNA サンプルデータはこちらから、"sample_dataset_eDNA"をダウンロードして下さい。
紹介した論文
（集団ゲノミクス、進化ゲノミクス）
Onuki et al. (2024) BMC Evol. Biol.
Hashiguchi et al. (2024) Genome Biol. Evol.
（環境DNA）
Takahara et al.(2013) PLoS One
Miya et al.(2015) Royal Society Open Science
Yamamoto et al. (2017) Sci. Rep.
Tsuji et al. (2023) Mol. Ecol. Resources
（Close-kin Mark-recapture）
Brevington et al. (2016) Nat. Commun.
Ruzzante et al. (2019) Methods Ecol. Evol.
（IUCN: 世界の淡水生物の絶滅危惧の現状について）
参考URL