In 1291, toen de Kruisvaarders hun laatste stad verloren, regeerden de Mammelukken in Egypte. Mammelukken waren militairen, vaak van niet-Egyptische herkomst. Voor Egypte was het een goede tijd. De economie, de handel (naar het Oosten), de kunst en de cultuur bloeiden, zelfs zo dat men wel van een Gouden eeuw spreekt.
Maar in 1516 werden de Mammelukken verslagen door de Turken, en Egypte werd een Turkse provincie. En de West-Europese landen ontdekten de weg over zee naar het Oosten: India, Indonesië, China, zodat de welvaart geheel verloren ging. Hongersnoden en epidemieën decimeerden de bevolking.
In 1798 dreigde er een burgeroorlog, toen plotseling de vloot van Napoleon verscheen, en Egypte veroverde. Volgens de Koptische traditie hakten de soldaten een boom om, waaronder Maria gezeten zou hebben. Maar omdat Nelson de Franse vloot versloeg moest Napoleon met hangende pootjes terug naar Frankrijk.
Na hem kwam Mohammed Ali, die het bracht tot onderkoning van Egypte. Hij wilde van Egypte een grote mogendheid maken, maar het lukte hem niet. Wel werd het land welvarender, en de bevolking nam weer toe. In 1869 werd het Suëz-kanaal geopend. Dit kanaal had veel geld gekost, en de belastingen moesten dus omhoog. Er kwamen opstanden, en de onderkoning vroeg de Engelsen om hulp. Die kwamen graag, in 1882, en bleven lang, tot 1952! In 1948 werd de staat Israël gesticht, en de Egyptenaren leden een smadelijke nederlaag. In 1952 maakte een staatsgreep een einde aan de Engelse aanwezigheid, en aan het koningshuis.
Naguib, en later Nasser, werden president. De Aswan-dam werd aangelegd, met behulp van Russische adviseurs. Zijn opvolger Sadat keerde zich weer meer naar het Westen. Hij sloot vrede met Israël.Moebarak, de president tot 2012, volgde dezelfde koers. Maar wat zal de toekomst brengen?
In de kerkgeschiedenis worden de Kopten na de verovering van Egypte door de Moslims niet meer genoemd, en in de gewone geschiedenis ook zelden.
De vorige Patriarch van Alexandrië, de Paus van de Kopten, was Shenouda III. Hij reisde veel, ook naar Nederland.
Zijn opvolger is Theodorus II. Net als de Paus van Rome verandert een Koptische paus bij aantreden zijn naam. Klik hier voor een lijst van de Patriarchen van Alexandrië.