Il n'y a pas de critère bien défini...
TVO est préréglé pour encapsuler en MKV les flux AVC/AAC, cependant avec le type de flux concerné, cela ne représente pas d'avantage réel par rapport au MP4, l'un ou l'autre se valent.
Les + pour le MKV :
De par son nom, il différencie le container des flux contenus (le MP4 étant devenu un terme trop générique).
C'est un container ouvert, pouvant supporter tout type de flux.
C'est celui retenu par Divx pour son système HD.
De plus en plus de lecteurs multimédia reconnaissent ce container.
Ses possibilités importantes le tourne résolument vers l'avenir.
C'est un système libre
Les + du MP4 :
Format de container standard sur le système Apple. (critère important pour l'utilisation directe Ipod/Iphone/Ipad)
Windows 7, WMP, Media Center, acceptent maintenant directement ce container (sans l'ajout de filtres supplémentaires).
Format relativement ancien et assez répandu (mais moins ouvert que le MKV).