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MANUSCRIPTS PUBLISHED

Please check google scholar citations for the latest record.

(1)         Taiki Shigematsu, Kenichiro Koshiyama*, Shigeo Wada, Line tension of the pore edge in phospholipid/cholesterol bilayer from stretch molecular dynamics simulation, Journal of Biomechanical Science and Engineering, accepted, 2015

(2)         Taiki Shigematsu, Kenichiro Koshiyama*, Shigeo Wada, Effects of Stretching Speed on Mechanical Rupture of Phospholipid/Cholesterol Bilayers: Molecular Dynamics Simulation, Scientific reports, 5, 15369, 2015.

(3)         Koshiyama K*, Wada S, Mathematical model of a heterogeneous pulmonary acinus structure, Computers in Biology and Medicine, 62, 25-32, 2015.

(4)         Ujihara Y, Nakamura M, Soga M, Koshiyama K, Miyazaki H, Wada S*, Computational studies on strain transmission from a collagen gel construct to a cell and its internal cytoskeletal filaments, Computers in Biology and Medicine, 56, 20-29, 2015.

(5)         Shigematsu T, Koshiyama, K*, Wada S, Molecular dynamics simulations of pore formation in stretched phospholipid/cholesterol bilayers, Chemistry and Physics of Lipids, 183, 43-49, 2014.

(6)         Xiao L, Sera T, Koshiyama K, Wada S*, A semiautomatic segmentation algorithm for extracting the complete structure of acini from synchrotron micro-CT images, Computational and Mathematical Methods in Medicine, 2013, 575086, 2013.

(7)         Nakamura M, Ujihara Y, Soga M, Koshiyama K, Miyazaki H, Wada S*, Effects of cytoskeletal orientations on deformation of a cell residing in a collagen gel construct, Journal of Biomechanical Science and Engineering, 7(1), 2-14, 2012.

(8)         Koshiyama K*, Wada S, Molecular dynamics simulations of pore formation dynamics during the rupture process of a phospholipid bilayer caused by high-speed equibiaxial stretching, Journal of Biomechanics, 44, 2053-2058, 2011.

(9)         安井真人, 越山顕一朗, 和田成生*, フェーズフィールド法を用いた肺微細構造のモデリング, 生体医工学, 49(1), 250-254, 2011.

(10)      Koshiyama K*, Yano T, Kodama T, Self-organization of a stable pore structure in a phospholipid bilayer, Physical Review Letters, 105(1), 018105, 2010.

(11)      Kodama T*, Tomita Y, Watanabe Y, Koshiyama K, Yano T, Fujikawa S, Cavitation bubbles mediated molecular delivery during sonoporation, Journal of Biomechanical Science and Engineering, 4(1), 124-140, 2009.

(12)      Koshiyama K, Kodama, T, Yano T, Fujikawa S*, Molecular dynamics simulation of structural changes of lipid bilayers induced by shock waves: Effects of incident angles, Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes, 1778(6), 1423-1428, 2008.

(13)      Koshiyama K, Kodama K, Yano T, Fujikawa S*, Structural change of lipid bilayer and water penetration induced by shock wave: molecular dynamics simulations, Biophysical Journal, 91(6), 2198-2205, 2006.

(14)      Kodama T, Tomita Y, Koshiyama K, Blomley MJK, Transfection effect of microbubbles on cells in superposed ultrasound waves and behavior of cavitation bubble, Ultrasound in Medicine and Biology, 32(6), 905-914, 2006.

(15)    Kodama T, Aoi A, Vassaux G, Koshiyama K, Yano T, Fujikawa S, Tomita Y, A non-invasive tissue-specific molecular delivery method of cancer gene therapy, Minimally Invasive Therapy and Allied Technologies, 15(4), 226-229, 2006.

ABSTRACTS PUBLISHED

(International)

1. Taiki Shigematsu, Kenichiro Koshiyama, Shigeo Wada,Molcular Dynamics Simulations of a DPPC/Cholesterol Bilayer under Equibiaxial Stretching, Ninth International Conference on Flow Dynamics Proceedings, in USB, 2012, 752-753.

2. Koshiyama K， Wada S. Rupture Process of Red Blood Cell Membranes: Molecular Dynamics Simulation (2011) Conference Proceedings: Japan-Korea CFD Workshop 2011， in USB.

3.  Koshiyama K， Molecular Perspective of surface tension on alveolar surfaces from molecular dynamics simulations of lung surfactant (2011) The 4th Global COE international Symposium on Physiome and Systems Biology for Integrated Life Sciences and Predictive Medicine Abstract book， pp. 56.

4. Koshiyama K, Rupture of Red Blood Cell Membranes during High-speed Stretching: Molecular Dynamics Simulations, (2011) Global-COE Workshop on Engineering/Information Science for Integrated Life Science and Predictive Medicine Programme

5. Koshiyama K, Wada S, Dynamic Responses of Surfactant Monolayer to Areal Changes: Non-equilibrium Molecular Dynamics SImulation, 6th World Congress of Biomechanics Abstracts, 82, 2010.

6. Koshiyama K, Wada S, Molecular Dynamics Simulation of Rupture of a Phospholipid Bilayer under Mechanical Stresses, Third Switzerland-Japan Workshop on Biomechanics 2009 Proceedings, 102, 2009.

7.  Koshiyama K, Kodama T, Yano T, Fujikawa S, Molecular dynamics simulation of water pore formation in lipid bilayer induced by shock waves, AIP Conference Proceedings, 829, 583-587, 2006.

8. Kodama T, Koshiyama K, Tomita Y, Suzuki M, Yano T, Fujikawa S, Interaction of impulsive pressures of cavitation bubbles with cell membrane during sonoporation, AIP Conference Proceedings, 829, 34-38, 2006.

9. Suzuki M. Koshiyama K, Shinohara F. Mori M, Ono M, Tomita Y, Yano T, Fujikawa S, Vassaux G, Kodama T, Nanobubble enhanced drug susceptibility of cancer cells using ultrasound, International Congress Series, 1284, 338-339, 2005.

10. Koshiyama K, Kodama T, Hamblin MR, Doukas AG, Yano T, Fujikawa S, Molecular delivery into a lipid bilayer with a single shock wave using molecular dynamics simulation, AIP Conference Proceedings, 754, 104-106, 2005.

(Domestic)

*The works as the first author are listed below. The works partly contributed are listed at the web site of Biomechanics Groups (in Japanese).

(H25) 2013.Apl.-2014.Mar.

1. 越山顕一朗, 和田成生， 衝撃波による細胞膜構造変化：分子動力学シミュレーション，第26回バイオエンジニアリング講演会講演論文集，2014， 39.

2. 越山顕一朗，細胞膜構造変化に関する非平衡分子動力学シミュレーション，第17回オーガナイズド混相流フォーラム，2013, (招待講演)

3. 越山顕一朗，超音波医療技術開発における分子動力学シミュレーションの役割，日本生体医工学会 分子デリバリー研究会，2013，(招待講演)

4. 越山顕一朗，超音波刺激による細胞膜構造変化，分子動力学シミュレーション，日本機械学会部門協議会「高度物理刺激と生体応答に関する研究分科会」第4回分科会特別講演会，2014，(招待講演)

5. 越山顕一朗，脂質殻ナノバブルの分子シミュレーション，日本機械学会2013年度年次大会講演論文集，in DVD, 2013, J023012

 (H24) 2012.Apl.-2013.Mar.

1. 越山顕一朗，細胞膜分子動力学シミュレーションと医工学技術開発の融合，計算数理工学レビュー，査読無し，No.2013-1, 2013, 27-33，ISSN 1348-7353．(招待講演)

2. 越山顕一朗，超音波作用下での脂質膜構造変化：分子動力学シミュレーション，第４回マイクロ・ナノ工学シンポジウム講演論文集，in DVD，2012，OS1-1-2

3. 越山顕一朗，超音波作用下におけるイオンの脂質膜透過の分子シミュレーション，日本機械学会2012年度年次大会講演論文集，in DVD，2012，J026016

(H23) 2011.Apl.-2012.Mar.

1. 越山顕一朗，MDによるナノバイオフィジオロジー研究，第20会バイオフィジオロジー研究会プログラム・抄録，p21.2011年．

2. 越山顕一朗，木下学，和田成生，超音波作用下での脂質膜の分子レベルの構造変化，第24回バイオエンジニアリング講演会 n CD, 7E32，2011年.

3. 越山顕一朗，和田成生，超音波下での脂質膜構造変化の分子シミュレーション，日本機械学会2011年度年次大会DVD-ROM論文集，No-11-1 in DVD, 2011年.

(H22) 2010.Apl.-2011.Mar.

1. 越山顕一朗，和田成生，赤血球膜破断に関する分子シミュレーション，第23回バイオエンジニアリング講演会論文集No10-74，379-378頁, 2011年.

2. 越山顕一朗，和田成生，細胞の高速な変形に伴う膜破断：分子動力学シミュレーション，第23回計算力学講演会 CMD2010要旨集 in CD, 2010年.

3.  越山顕一朗，和田成生，せん断応力下での細胞膜構造変化：分子シミュレーション，日本機械学会2010年度年次大会講演論文集，8，131-132頁，2010年.

(H21) 2009.Apl.-2010.Mar.

1. 越山顕一朗，和田成生．肺サーファクタントと吸入麻酔薬の分子シミュレーション －肺シミュレータの応用にむけて－，日本機械学会 第22回バイオエンジニアリング講演会講演論文集, No.09-55, 73頁, 2010年.

2.  越山顕一朗，和田成生，肺サーファクタント層内ラメラ状構造のMDシミュレーション，第22回計算力学講演会 CMD2009 要旨集 in CD，2009年.

3.  越山顕一朗，和田成生，肺サーファクタント単層の粗視化分子動力学シミュレーション，日本機会学会2009年度年次大会講演論文集，Vol. 6，23-24頁，2009年.

4.  越山顕一朗，和田成生，二種類の脂質分子による脂質膜の分子動力学シミュレーション，計算工学講演会論文集 Vol.14，35-36頁，2009年.

(~H20) -2009.Mar.

1.  越山顕一朗，和田成生，混合リン脂質二重層膜の分子動力学シミュレーション，日本流体力学会 年会2008講演要旨集，405頁，2008年．

2.  越山顕一朗，和田成生，肺サーファクタントの分子シミュレーション－肺のマルチシミュレータ開発に向けて－，日本機会学会2008年度年次大会講演論文集，Vol.6，123-124頁，2008年．

3.  越山顕一朗，小玉哲也，藤川重雄，矢野猛，衝撃波による分子デリバリー機構：分子レベルでの細胞膜構造変化，第47回 日本生体医工学会大会抄録集，277頁，2008年．

4.  越山顕一朗，衝撃波による脂質二重層膜の分子レベルの構造変化，第3回非線形テクノサイエンス講演会予稿集, 60頁，2008年．

5.  越山顕一朗, 小玉哲也, 矢野猛, 藤川重雄, 超音波による分子の細胞膜通過機構, 日本機械学会2007年度年次大会講演論文集, Vol.2. 151-152頁, 2007年．

6.  越山顕一朗, 小玉哲也, 矢野猛, 藤川重雄, 超音波DDSにおける分子導入機構, 日本超音波医学会第33回東北地方会学術集会プログラム・抄録集5頁, 2007年.

7.  越山顕一朗, 小玉哲也, 矢野猛, 藤川重雄, 衝撃波による細胞膜の透過性変化機構に関する分子動力学シミュレーション, 第56回理論応用力学講演会講演論文集599-600頁, 2007年.