La Cruz de Borgoña ha sido incluida en los escudos de armas y en las banderas de España, tanto de tierra como de mar, desde 1506, época de su introducción con la Guardia Borgoñona de Felipe el Hermoso. Aunque desapareció del Escudo de Armas del Rey de España en el reinado de Felipe VI y de su estandarte,​ muchas banderas, guiones y estandartes actuales del Ejército español siguen presentando este emblema en ellos. Un claro ejemplo lo constituyen los guiones y estandartes de la Guardia Real.

Sin duda, la Cruz de Borgoña es el origen de la escarapela que marca las colas de los aviones del Ejército del Aire de España. Varios historiadores aeronáuticos indican que la primera vez que se pintó la Cruz de Borgoña sobre un aeroplano fue a principios de la Guerra Civil Española por orden del general Franco sobre un fondo blanco, al tiempo que hizo desaparecer la bandera tricolor de la II República, el 8 de agosto de 1936.

Como símbolo vexilológico, ha sido el más utilizado hasta 1785 en las banderas españolas.

En tierra, esta bandera, blanca con la cruz de Borgoña en rojo, ondeó quizá por primera vez como insignia española en la batalla de Pavía en 1525(aunque las aspas rojas eran lisas, sin nudos), y es la más característica de las utilizadas por los tercios españoles y regimientos de infantería de la Monarquía hispánica durante los siglos XVI, XVII, XVIII y comienzos del XIX.

Desde Carlos I, cada compañía tiene su propia bandera, en la que la cruz figuraba sobre fondos de muy diversa forma y colorido (en los que a veces se incluían jeroglíficos o motivos heráldicos del oficial al mando). Al acceder al trono Felipe II, ordenó que, además de las banderas de cada compañía, cada tercio llevase otra en cabeza de color amarillo con las aspas de Borgoña en rojo. A pesar de esta variedad, el color blanco fue el más utilizado como paño de fondo, sobre todo en las banderas coronelas. A este respecto, un decreto de Felipe V dado a 28 de febrero de 1707 decía:

Y es mi voluntad que cada cuerpo traiga una bandera coronela blanca con la cruz de Borgoña, según estilo de mis tropas, a que he mandado añadir dos castillos y dos leones, repartidos en cuatro blancos, y cuatro coronas que cierran las puntas de las aspas.

Posteriormente a 1785, la versión de aspa roja sobre fondo blanco sería también la bandera adoptada por el movimiento carlista en 1935. En la guerra carlista de 1833-1840, la borgoñona aún seguía siendo la bandera del Ejército, o sea, de las fuerzas regulares liberales (el Ejército no adoptó la rojigualda hasta 1843), no siendo empleada por las tropas del bando carlista. Después de la citada unificación de banderas en 1843, surgió un estandarte militar híbrido con una pequeña aspa borgoñona en la franja amarilla central de la rojigualda, normalmente debajo de un escudo redondo con los cuarteles de Castilla y León. Hacia 1923 dichas aspas borgoñonas de las rojigualdas del Ejército empezaron a ganar en tamaño, superponiéndose a las franjas rojas superior e inferior (lo cual obligó a recurrir a diferentes matices de rojo).

Aunque algunas unidades carlistas sí llegaron a utilizar el aspa en la Primera Guerra Carlista de 1833 —cuando era sólo un distintivo de las enseñas de infantería, artillería e ingenieros, sin connotaciones ideológicas aún—, y en la Tercera Guerra Carlista de 1872 probablemente el sotuer borgoñón sólo lo usaron las fuerzas gubernamentales, normalmente en la franja amarilla de las rojigualdas, aunque algunas unidades mantuvieron sus banderas del modelo anterior a la unificación de 1843 (la artillería y el regimiento "Inmemorial del Rey", que en época de la I República, 1873-1874, se quedó en "Inmemorial" a secas). El aspa borgoñona como emblema político propio carlista es tardía: fue el 24 de abril de 1935,​ en época de Manuel Fal Conde, coincidiendo con la reorganización del Requeté, por aquel entonces un grupo paramilitar clandestino, siendo utilizado posteriormente por regimientos tradicionalistas y requetés carlistas durante la Guerra Civil Española dentro del bando nacional.

En alta mar, las banderas con las aspas de Borgoña ha sido empleadas como torrotito y como pabellones de la Armada y de la Marina mercante.

También fue el "estandarte vicerreinal" en los vicerreinatos de Nueva España.

Durante la guerra de la independencia hispanoamericana, los patriotas ecuatorianos de la Primera Junta de Gobierno Autónoma de Quito usaron una bandera roja con la cruz de Borgoña pintada en blanco, para indicar su oposición a la monarquía española. Esta bandera es conocida como "bandera del diez de agosto de 1809".

Hoy día muchas banderas americanas recuerdan en su diseño la Cruz de Borgoña y su pasado español, como por ejemplo la bandera de la ciudad de Valdivia, Chile, la bandera del departamento de Chuquisaca en Bolivia, o las de los estados estadounidenses de Florida y Alabama. La bandera ondea sobre el castillo San Felipe del Morro y el fuerte San Cristóbal en San Juan, Puerto Rico. Por último y no menos importante, la bandera del Regimiento de Infantería 1 “Patricios” de Buenos Aires, desde 1807 hasta nuestros días.

Galería

Cruces de Borgoña

Escudo de España

Versión común mostrada en las banderas de los regimientos del ejército.

(1700-1761)

Escudo de España

Versión común mostrada en las banderas de los regimientos.

(1761-1843)