Neurodebian
脳科学に最適なVirtual OSであるNeurodebianの利用を、赤間研では推奨しています。
http://neuro.debian.net/vm.html
（Neurodebianのホームページ）をご覧ください。
そしてまず、
https://www.virtualbox.org/
(Virtualboxのホームページ)から、皆さんのホストOSに合ったVirutalBoxをダウンロード、インストールします。
私の個人のノートブックでは、VirtualBox-4.3.20-96997-Win.exeを使っています。
またNeuroDebianの仮想アプライアンスとして、ここは、NeuroDebian_7.4.20140423_amd64.ovaというOVAファイル(Open Virtualzation Format Archive)を利用しています。
これを
http://neuro.debian.net/
からダウンロードします。
Select your operating systemのプルダウンメニューからOSを
Select a download serverのプルダウンメニューから、どこからダウンロードするかを選択します。
OVAファイル(ここではNeuroDebian_7.4.20140423_amd64.ova)がダウンロードされたら、
Oracle VM Virtualboxを起動して、
ファイル(F)->仮想アプライアンスのインポート(I)でimportします。
NeuroDebian 7.4.201 40423(64bit)を選び、
(この写真では、私が別に使っているVM、ESE VM_1が映っていますが、それは気にしないでください。)
設定を行います。重要なのはホストOS(WindowsやMACでしょう)とゲストOS(Virtual OS)と、あるフォルダー(ディレクトリ)でファイル共有をかけることです。
この例ではWindows側はC:\\workでNeurodebianとファイルの共有をかけるとします。
共有フォルダーで、C:\\workを選び、自動マウントにチェックを入れてOK
NeuroDebian_7.4.20140423_amd64をVirtualboxから起動します。
ホストOSとの間の共有設定の時は、まだクリップボードが統合されていないこともあり、ホストOSの画面と照合しながら作業をする必要があるかもしれないので、フルスクリーンモードにしない(スケールモードのままにする)方が良いでしょう。
まずNeurodebian上でTerminalを開きます。Applications Menuからでも、デスクトップ上の黒い小さな四角のアイコンからも起動できます。
Linuxの基本的なコマンドである
pwd
ls
mkdir work
whoami
をtype, Enterし結果を見ましょう。この段階で、
/home/brain/work
というディレクトリを作成し、これをホストOSと共有することにします。
また同時にUpdate Managerで更新しておいた方が良いかもしれません。
killall -9 apt-get
killall -9 dpkg
killall -9 dropbox
(これが最大の難敵!)
などが有効な場合が多いです。これはバックグラウンドで走っている余計なプロセスを止めるための、ハマった時の窮余の策です。
Synaptic ManagerのAｌｌで始まる左のリストからKernelを選ぶと、右側のウィンドウにKernel関係のプログラムがリストアップされますから、そこから
module-assistant
をチェックし、dependencyとともに選んで、Applyボタンを押せば、linux-headers*とともにダウンロードインストールが始まります。
これが途中で止まることがしばしばあります。有名なバグで、nautilus-dropboxを100%ダウンロードした後、configure中に動かなくなるというものです。dropboxはその際に不要なので、Terminal上で、Ctr+Cでプロセスをとめ、
dropbox, dpkg, synapticをkillall -9でstopさせて、もう一度、synapticを起動させ、module-assistantがインストールされているか確認しましよう。インストールされていない場合は、他のdependency関係にあるKernelまわりのファイルを先にダウンロードインストールさせ、configuring dropboxでスタックしたら、そこは今述べた手で切り抜けましょう。
(Kernelまわりのここが一番はまりやすく、linux-headersに関する正しいdependencyが利用できない場合があります。その場合はページ2)を参照ください。)
いすれにせよ、
module-assistant auto-install xtables-addons
が通れば、後はそんな難しくはありません。
次にsuperuser (root)として作業しますので、
su
とコマンドを入れて、passwordにneurodebianを入力してください。Neurodebianのsuperuserのpasswordはすべてneurodebianであり、rootで入っている限りはsudoをする必要はありません。
これから先の共有ディレクトリの設定(ファイルシステムのマウント)は異常にハマりやすいところなので、臨機応変に対応してください。私の経験では、共有をかけるディレクトリが、Neurodebianと別のHDDドライブに設定される場合は比較的楽です。ここでは、最もハマる例とその解決策を提示します。
まずNeurodebianのカーネルを再構築する必要が多分にあります。Kernel用にmodule-assistantというコマンドがインストールされている場合は、
module-assistant auto-install xtables-addons
一発でよいのですが、Not foundの場合は、Synaptic managerから自動的にダウンロードインストールするのが楽です。
synapticは、Terminalでsynapticコマンド一発で開くはずなのですが、時々、別のプロセスに邪魔され起動できない時があります。
その場合、
次に
VBoxGuestAdditions_5.0.16.iso
というファイルを入手します。既にNeurodebianにある場合は、そのファイル名をrootからのフルパスで/mntにマウントさせるコマンドに移って良いです。
ない場合は、Applications Menu->Internet->Chromium Web BrowserからChromiumを起動し、
http://download.virtualbox.org/virtualbox/5.0.16/
から
VBoxGuestAdditions_5.0.16.isoをダウンロードしてください。
/home/brain/Downloadsに見つかるはずです。
ブラウザを使わない場合は、Terminalから
wget http://download.virtualbox.org/virtualbox/5.0.16/VBoxGuestAdditions_5.0.16.iso -P /home/brain/Downloads
でダウンロードできます。
次に
mount -o loop /home/brain/Downloads/VBoxGuestAdditions_5.0.16.iso /mnt
と
Terminal上で実行してください。これもAlready doneと言われる可能性がありますが、その時は先に進んでください。
sh -x /mnt/VBoxLinuxAdditions.run # --keep
これもさほど問題はありません。
次に
/etc/init.d/vboxadd-service start
これはKernelの設定ができていないと通らず、ファイルがNot foundになります。
modprobe vboxsf
が何も返さなければ、うまくいくはずです。
後は、/home/brain/workにホストOS(この場合はWindows)側のC:\\workをマウントします。
/sbin/mount.vboxsf work /home/brain/work
うまくいけば、C:\\workの中のファイルが、/home/brain/workからも見られるはずです。
このコマンドがTerminalを開いた時自動的に実行されるように/home/brain/.bashrcにvimを使って
sudo /sbin/mount.vboxsf work /home/brain/work
を1行書き加えておいた方が良いでしょう。
後、System->Preference->Keyboardのプルダウンメニューから、KeyboardのLayoutをJapanに替えておいた方が使いやすいでしょう。
参考
http://stackoverflow.com/questions/28328775/virtualbox-mount-vboxsf-mounting-failed-with-the-error-no-such-device
https://debian-handbook.info/browse/ja-JP/stable/sect.kernel-compilation.html
http://download.virtualbox.org/virtualbox/5.0.16/