analyze2nifti

2枚1組のAnalyze(.hdr/.img)形式の脳画像を1枚のNifti(.nii)に変換する方法

SPM8ではdefaultであったAnalyze(.hdr/.img)形式の脳画像を、SPM12でdefaultのNifti(.nii)に変換するにはどうしたら良いか。

この違いはさほど気にする必要はないのですが、同じデータセットで混在してしまった場合は、Niftiの形式に統一すると良いでしょう。

I)1個づつ変換するのではあれば、MRICronを利用するのが便利です。

II)Pythonを利用して一括処理する方法

analyze2nifti.pyをダウンロードします。このページからコピーアンドペーストして同名で保存すると良いでしょう。

この中のconvert()という関数を使いますが、これはMedPyを利用しているので、あらかじめインストールしておく必要があります。

MedPy 0.2.2 (Medical image processing in Python)

を参照してください。

Ubuntu/Debianの場合、ターミナル上で

sudo pip install medpy

(python-pipをインストールに要するので、それがない場合はsudo apt-get python-pipでダウンロード・インストールしてから始めて下さい。)

以下の例は~/functionalのディレクトリにある全analyzeファイルをすべて一括してniftiに変換し、それを~/outputディレクトリに保存するスクリプトです。

globの利用に注目。

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from analyze2nifti import convert

import glob

analyze_files=glob.glob('functional/*.img')

print analyze_files

for i in range(len(analyze_files)):

    convert(analyze_files[i],'output')

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